用于 pubmed 数据挖掘的 Entrez 和 RISmed 库

Question

我正在使用这个“RISmed”库对我感兴趣的基因或蛋白质进行一些查询，输出基本上带有 pubmed ID，但大多数时候它也包含非特定命中，这不是我的兴趣。因为我只能看到 pubmed ID，所以我必须手动输入那些返回的 ID，然后在 NCBI 中搜索它们，看看这篇论文是否是我感兴趣的。

问题：有没有办法返回论文的摘要或摘要排序以及它的 pumed ID，这可以在 R 中实现？

如果有人能帮忙就太好了..

Answer 1

使用手册中的the example 我们需要EUtilsGet 函数。

library(RISmed)

search_topic <- 'copd'
search_query <- EUtilsSummary(search_topic, retmax = 10,
                              mindate = 2012, maxdate = 2012)
summary(search_query)

# see the ids of our returned query
QueryId(search_query)

# get actual data from PubMed
records <- EUtilsGet(search_query)
class(records)

# store it
pubmed_data <- data.frame('Title' = ArticleTitle(records),
                          'Abstract' = AbstractText(records))