如何在 R 中使用 ape 包绘制树状图？答案

【问题标题】：How to draw dendrogram using ape package in R?如何在 R 中使用 ape 包绘制树状图？
【发布时间】：2017-09-07 11:56:40
【问题描述】：

我有一个 ~200 x 200 大小的距离矩阵，我无法使用 R 中猿库的 BioNJ 选项绘制树状图尺寸很大以使情节可见有什么方法可以提高知名度

【问题讨论】：

标签： r dendrogram ape-phylo

【解决方案1】：

两个选项，取决于您的数据

如果您需要计算数据的距离矩阵，请使用

set.seed(1)                          # makes random sampling with rnorm reproducible
# example matrix
m <- matrix(rnorm(100), nrow = 5)    # any MxN matrix
distm <- dist(m)                     # distance matrix
hm <- hclust(distm)
plot(hm)

如果你的数据是距离矩阵（必须是方阵！）

set.seed(1)
# example matrix
m <- matrix(rnorm(25), nrow=5)       # must be square matrix!
distm <- as.dist(m)
hm <- hclust(distm)
plot(hm)

一个 200 x 200 的距离矩阵给了我一个合理的情节

set.seed(1)
# example matrix
m <- matrix(rnorm(200*200), nrow=200)       # must be square matrix!
distm <- as.dist(m)
hm <- hclust(distm)
plot(hm)

【讨论】：

虽然使用聚类，但该图看起来像一个棒状质量，我无法从中识别出任何模式，我的方阵大小为 200 X 200
你可以尝试在底部绘制 200x200 距离矩阵。你得到了什么？
@LakshmiKrishnaKumaar 你试过我答案底部的情节吗？
感谢您的回答，但尝试绘图也给出了类似的绘图，我正在用数据检查一次