【问题标题】:unscale predictor coefficients lmer model fit with an unscaled response未缩放的预测系数 lmer 模型适合未缩放的响应
【发布时间】:2016-02-04 19:12:24
【问题描述】:

我已经拟合了一个 lmer 模型,现在我试图根据实际系数而不是缩放系数来解释系数。

我的顶级模特是:

 lmer(logcptplus1~scale.t6+scale.logdepth+(1|location) + (1|Fyear),data=cpt, REML=TRUE)

因此两个预测变量都被缩放,其中一个是缩放的对数值。我的响应变量没有缩放,只是记录。

为了缩放我的预测变量,我使用了 r 中的 scale(data$column, center=TRUE,scale=TRUE) 函数。

我的模型的输出是: 固定效果:

                Estimate Std. Error t value
  (int)         3.31363    0.15163  21.853
scale.t6       -0.34400    0.10540  -3.264
scale.logdepth -0.58199    0.06486  -8.973

那么如何从这些基于我的缩放预测变量缩放的系数中获得我的响应变量的真实估计值?

注意:我了解如何取消缩放我的预测变量,但不了解如何取消缩放/转换系数

谢谢

【问题讨论】:

    标签: r lme4


    【解决方案1】:

    scale 函数对数据进行 z 变换,这意味着它采用原始值,减去平均值,然后除以标准差。

    to_scale <- 1:10
    using_scale <- scale(to_scale, center = TRUE, scale = TRUE)
    by_hand <- (to_scale - mean(to_scale))/sd(to_scale)
    identical(as.numeric(using_scale), by_hand)
    [1] TRUE
    

    因此,要反转模型系数,您只需将系数乘以协变量的标准差并加上均值。 scale 函数为您保留平均值和标准差。因此,如果我们假设您的协变量值是 scale.t6 回归系数的 using_scale 向量,我们可以编写一个函数来为我们完成这项工作。

    get_real <- function(coef, scaled_covariate){
    
                # collect mean and standard deviation from scaled covariate
                mean_sd <- unlist(attributes(scaled_covariate)[-1])
    
                # reverse the z-transformation
                 answer <- (coef * mean_sd[2]) + mean_sd[1]
    
                # this value will have a name, remove it
                 names(answer) <- NULL
    
                # return unscaled coef
                  return(answer)
    }
    
    get_real(-0.3440, using_scale)
    [1] 4.458488
    

    换句话说,它与取消缩放预测变量相同,因为它是单调变换。

    【讨论】:

    • 谢谢,但是这对拦截也有什么影响?截距也缩放到两个变量,对吧?你知道如何改变它吗?一般来说,我是 lmers 和混合模型的新手,我正在努力从整个模型中获取真实的参数估计
    • 正确,截距取决于模型中的两个变量,并且没有办法对其进行转换。如果想获得真正的参数估计,我建议不要从一开始就缩放你的参数。缩放的主要原因(除了可能有助于计算)是为了让您可以在参数估计之间进行比较。真正的问题是为什么你实际上需要实际的参数估计。只需绘制每个参数的预测并将 x 轴替换为实际值。
    • 我认为 OP 需要真实的参数估计来进行推理......
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