如何在 python 中制作力导向图？

【问题标题】：How do I make a force-directed graph in python?如何在 python 中制作力导向图？
【发布时间】：2016-08-12 23:23:38
【问题描述】：

我想要一个显示几个节点的图表，节点之间的方向箭头表示一种关系，其粗细与它们的连接强度有关。

在 R 中这很简单

library("qgraph")
test_edges <- data.frame(
   from = c('a', 'a', 'a', 'b', 'b'),
   to = c('a', 'b', 'c', 'a', 'c'),
   thickness = c(1,5,2,2,1))
qgraph(test_edges, esize=10, gray=TRUE)

产生：

但在 Python 中，我找不到一个明确的例子。 NetworkX 和 igraph 似乎暗示这是可能的，但我一直无法弄清楚。

【问题讨论】：

标签： python data-visualization igraph networkx r-qgraph

【解决方案1】：

我首先尝试使用 NetworkX 的标准绘图函数来做这个，它使用 matplotlib，但我不是很成功。

不过，NetworkX 也有supports drawing to the dot format，其中supports edge weight, as the penwidth attribute。

所以这里有一个解决方案：

import networkx as nx

G = nx.DiGraph()
edges = [
    ('a', 'a', 1),
    ('a', 'b', 5),
    ('a', 'c', 2),
    ('b', 'a', 2),
    ('b', 'c', 1),
    ]
for (u, v, w) in edges:
    G.add_edge(u, v, penwidth=w)

nx.nx_pydot.write_dot(G, '/tmp/graph.dot')

然后，为了显示图表，在终端中运行：

dot -Tpng /tmp/graph.dot > /tmp/graph.png
xdg-open /tmp/graph.png

（或您的操作系统上的等效项）

其中显示：

【讨论】：