斐济插件：imgOpener 异常（scifio 类）答案

【问题标题】：fiji plugin : imgOpener exception (scifio class)斐济插件：imgOpener 异常（scifio 类）
【发布时间】：2013-12-04 09:08:00
【问题描述】：

我是第一次使用斐济，我需要将图像打开为 FloatType，所以我按照此处找到的示例进行操作 http://fiji.sc/wiki/index.php/ImgLib2_Examples#Example_1b_-_Opening_an_ImgLib2_image 但我收到此错误：

WARN: Ignoring non-Maven build directory: /home/utente/workspace/my_project/bin
Exception in thread "main" java.lang.IllegalArgumentException: No compatible service:  io.scif.SCIFIOService
at org.scijava.service.ServiceHelper.loadService(ServiceHelper.java:222)
at org.scijava.service.ServiceHelper.loadService(ServiceHelper.java:176)
at org.scijava.service.ServiceHelper.loadServices(ServiceHelper.java:153)
at org.scijava.Context.<init>(Context.java:200)
at org.scijava.Context.<init>(Context.java:127)
at org.scijava.Context.<init>(Context.java:116)
at io.scif.img.AbstractImgIOComponent.<init>(AbstractImgIOComponent.java:65)
at io.scif.img.ImgOpener.<init>(ImgOpener.java:99)
at SGP_db.StartingJFrame.getGn(StartingJFrame.java:216)
at Plugin.SGP_deblurring_boundary.main(SGP_deblurring_boundary.java:58)

不明白为什么我会收到这个错误，有什么想法吗？

谢谢，

萨拉

【问题讨论】：

您能否提供更多关于您的项目结构的详细信息？你在使用 Eclipse 吗？试图从斐济的脚本编辑器运行？使用不同的 IDE？还是从命令行运行？
我正在使用 Eclipse 来编写和运行我的程序。我可能在配置我的项目构建路径时犯了一些错误。无论如何我已经解决了从 imglib2.io 导入 ImgOpener 类的问题。

标签： image image-processing plugins bioinformatics imagej

【解决方案1】：

这几乎肯定是 Eclipse 中的构建路径问题。您是否使用 M2E 插件来管理您的项目？

如果您不知道或不确定，请按照斐济网站上的说明操作：

http://fiji.sc/Developing_ImgLib2#Developing_ImgLib2_with_Eclipse

我强烈建议不要在非 Maven Eclipse 项目中手动处理 JAR 文件。 Eclipse Maven 集成将使您的生活更加更轻松。更多详情，请参见：

http://fiji.sc/Maven

我已经解决了从 imglib2.io 导入 ImgOpener 类的问题

请注意imglib2-io 不再存在；访问ImgOpener 的最新方法是改用io.scif:scifio 库。如果您的工作基于ImgLib2 Examples，请注意您可以使用grab the source from GitHub，其中包括指定正确依赖项的Maven POM。如果您还需要使用 ImageJ 1.x 例程，请从那里开始，或者从 minimal-ij1-plugin 项目开始。

【讨论】：

非常感谢！我已经有了 Maven 集成；修复一些关于我的项目目录的警告并包含 pom 文件就足够了，现在它可以工作了！
现在有了 Eclipse，我可以正确编译和运行插件，但在斐济运行它时，在 RandomAccessConverter.getPosition(122) 的 RandomAccessConverter.getPosition(122) 处打开 tif 图像（带 jpg 的 0）时，我得到 ArrayIndexOutOfBoundsException:3。填充平面（86）。我只是使用方法：new ImgOpener().openImg(filePath, new ArrayImgFactory(), new FloatType()) 如示例所示。希望你能帮助我，在网上搜索没有任何用处@ctrueden
这可能是因为斐济仍在运送 SCIFIO 0.7.1 而不是 version 0.7.4。在此期间修复了许多错误，包括一些与 RGB 图像相关的错误。您能否使用 SCIFIO 0.7.4 进行测试（删除 jars 文件夹中的 scifio-0.7.1.jar 并将 scifio-0.7.4 放在那里）并告诉我是否已修复？如果是这样，我会将该版本上传到斐济。谢谢！
@sara 实际上，它可能仍然是一个活跃的错误。见GitHub issue #111。如果您想随时了解进度，只需在问题上写下评论，当问题发生变化时，GitHub 会开始向您发送电子邮件。
你是对的..将jar文件更改为0.7.4版本并将scijava-common jar文件更改为2.6.1版本就足够了，非常感谢！