ImageJ 计算实体的面积

Question

我有一系列冰的图像，我想分析这些图像以确定固体与液体的面积。示例图像here。这类似于孔隙率测量，但由于颜色太相似而无法简单地进行阈值测量，因此我很挣扎。

目前我不得不使用对比度/查找边缘/去斑/制作二进制以使晶体更容易识别。

然后我将它们通过形态分割： example 然后是计算区域的阈值。

有没有更简单的方法来计算冰的面积与空间/液体的面积，而不必追踪每个晶体？

Answer 1

您的图像具有不均匀的背景照明，因此进行背景减法是有意义的。 Find Edges 是一个很好的预处理步骤，可以增强边缘，使形态分割（这里是一个合理的工具）更容易。

这是一个示例宏，它可以自动执行其中的许多步骤：

// Perform a background subtraction.
orig = getImageID();
run("Duplicate...", " ");
dupl = getImageID();
run("Gaussian Blur...", "sigma=50");
imageCalculator("Subtract create 32-bit", orig, dupl);

// Enhance the edges.
run("Find Edges");

// Run Morphological Segmentation.
run("Morphological Segmentation");
wait(1000); // HACK
call("inra.ijpb.plugins.MorphologicalSegmentation.segment", "tolerance=20", "calculateDams=true", "connectivity=6");
call("inra.ijpb.plugins.MorphologicalSegmentation.setDisplayFormat", "Catchment basins");
call("inra.ijpb.plugins.MorphologicalSegmentation.createResultImage");

生成的图像的每个区域都有不同的实体值：

您可以从那里创建一个直方图（分析 > 直方图）来获取每个强度值的计数，即每个对象的面积。由于某种奇怪的原因，直到我首先复制了结果图像（shift+d），它才对我有用。

您可以单击“复制”按钮将整个直方图放入剪贴板，然后将其粘贴到电子表格程序或文本文件中，以便在其他工具中进行分析。

肯定有其他（可能更好）的方法来分析来自形态分割的集水盆地“标记”图像；考虑在ImageJ Forum 上询问更多想法和建议。

您可以尝试的另一个更简单的选项是Trainable Weka Segmentation。