【问题标题】:Exception during Fiji/ImageJ launching from Python从 Python 启动 Fiji/ImageJ 期间出现异常
【发布时间】:2019-08-07 16:01:18
【问题描述】:

我想用 Python 编写一些代码,用于在斐济处理数据。我按照说明安装了库“imagej”,以便我可以通过 Anaconda-Python 访问斐济。这两行是这样的:

import imagej
ij = imagej.init('C:\Program Files\Fiji\Fiji.app')

但是,当我运行这两行时,会显示以下错误:

JavaException: JVM exception occurred: net/imagej/updater/UpdateService

显然 Python 正在尝试访问 Fiji Updater,但它不能(这就是我所理解的......) 如何正确运行斐济而不会出现此类错误?有什么办法可以禁用吗?

【问题讨论】:

    标签: python python-3.x imagej fiji


    【解决方案1】:

    我不是专家,实际上没有通过 Python 进行交互的经验,但我最好的猜测是尝试关闭“开始时检查更新”以查看是否有任何改变。可能是 Python 成功让 FIJI 运行了,但是 FIJI 需要的第一件事就是让你告诉它是否要更新等。

    【讨论】:

    • 当然!我也在考虑这个问题......你知道这个“检查开始时更新”按钮在哪里吗?谢谢:)
    • 不管怎样,我最终选择了直接在斐济用自己的语言编写代码...
    • 嘿@pedro_galher,我不确定。我是在假设它一开始就存在的情况下运作的,但我可能是不正确的。不过,我确实在 GitHub 上找到了关于这个主题的讨论!你可以在这里找到:github.com/imagej/imagej-updater/issues/7 你能提供你写的宏代码吗?我还想看看你在 Python 中想出了什么,和/或你如何让它与 FIJI 对话。我自己一直在尝试这样做,但由于我的同事更容易使用它们,所以一直被拉回编写宏。
    • 当然!这是我在斐济编写的一个简单宏,用于分析 CT 扫描生成的一堆图像:github.com/pedrogalvez/Analysis-Stack-of-images
    • 要在斐济“语言”中编写宏,您必须执行以下操作:插件 > 宏 > 启动宏。然后在脚本窗口的语言栏中选择“IJ1 宏”。我选择用斐济语言编写所有内容,所以我最终没有使用 Python。希望对您有所帮助!
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