在 igraph 中创建树形图答案

【问题标题】：Creating a tree graph in igraph在 igraph 中创建树形图
【发布时间】：2015-10-01 08:03:44
【问题描述】：

我正在尝试在 igraph (R) 中创建一个家谱树，我使用了以下代码：

id = 1:5
parent = c(1,1,2,3,3)
name = c("A", "B", "C", "D", "E")
data = data.frame(id, parent, name)
n = graph.data.frame(data)
co=layout.reingold.tilford(n, flip.y=T)
plot <- plot.igraph(g,layout=co, vertex.label = name)

D 和 E 都应该有父 C，但是这段代码经常将 D 和 E 绘制在彼此之上，只有一个箭头（而不是两个）。有人有解决这个问题的办法吗？

【问题讨论】：

清除你的工作区/重启R。最后一行使用的对象g在上面的代码中没有定义。我想应该是n。如果是这样，我觉得它是正确的。
唉，这并不能解决问题。
使用layout.reingold.tilford 来布局图表很重要吗？它是随机的，似乎有些不稳定。
啊，也许这就是为什么..我认为没有必要，这只是我在其他人的代码中看到的。我去看看，谢谢..

标签： r tree igraph

【解决方案1】：

首先，您似乎错误地指定了data.frame 来获取您的图表。 data 的第一列和第二列分别指定了边运行from 和to 的顶点。因此，要将 D 和 E 作为 C 的子级，您需要在第一列中有 parents。其次，您只需直接指定标签/名称data.frame。我得到了这个工作：

library("igraph")
data <- data.frame(parent = LETTERS[c(1,1,2,3,3)], id = LETTERS[1:5])
g <- graph.data.frame(data)

myformat <- function(g) {
  layout.reingold.tilford(g, root = 1, flip.y = FALSE, circular = FALSE)
}
plot(g, layout = myformat)

这是你想要的吗？

【讨论】：

【解决方案2】：

我在使用该绘图命令时也遇到了问题（不是交互式绘图方式），但从那时起我就开始使用tkplot (http://igraph.org/r/doc/tkplot.html)。

检查这个版本：

library(igraph)

id = 1:5
parent = c(1,1,2,3,3)
name = c("A", "B", "C", "D", "E")
data = data.frame(id, parent, name)
g = graph.data.frame(data)
tkplot(g, vertex.color="red", vertex.label=name)

你应该得到类似的东西：

您可以移动节点（拖动它们）、单击箭头、更改它们的颜色（所有或特定节点）等。非常适合可视化。当您处理非常大的图表时，您可能会发现一些问题。

但要明确一点，您在代码中遇到的问题似乎是由 layout 命令造成的。如果你这样做：

library(igraph)

id = 1:5
parent = c(1,1,2,3,3)
name = c("A", "B", "C", "D", "E")
data = data.frame(id, parent, name)
g = graph.data.frame(data)
plot <- plot.igraph(g,vertex.label = name)

你应该得到：

这与tkplot 完全相同，但它不允许您更改实际绘图上的形状或其他元素。

【讨论】：