f2py 无法与 NetCDF 库链接 -

Question

我正在尝试使用 f2py 在我的系统中安装一些 Python 模块，这些模块与海洋模型（在 Fortran 90 中）有关。我在使用 f2py 时遇到了一些问题。具体来说，即使我安装了所需的库和包含文件，f2py 也无法与 NetCDF 库链接。我在 64 位机器上的 Ubuntu16.04 上使用 Python 2.7 和 Anaconda 2。我正在使用 gfortran。

为了测试它是否正常工作，我编写了一个小代码 - 一个包含一个小子例程的 f90 模块。该子例程执行一项基本数学任务，并调用一个打印已安装 NetCDF 版本的 NetCDF 例程。模块（testsub.f90）如下：

module testsub
implicit none

contains

subroutine f_sum(a, b, s)
!#include 'netcdf.inc' 
  use netcdf
  real(8) :: a, b, s
  s = a+b;

  !Calls a function that prints the netcdf version
  write(*,*) trim(nf90_inq_libvers())
end subroutine f_sum

end module

testsub 的 makefile 是：

#Fortran compiler
FC=gfortran

NCLIB = -L/home/sonaljit/anaconda2/lib -lnetcdf -lnetcdff -L/usr/lib/python2.7/config-x86_64-linux-gnu -lpython2.7
NCINC = -I/home/sonaljit/anaconda2/include

#f2py and flags
F2PY = /home/sonaljit/anaconda2/bin/f2py
PYFLAGS = "-fPIC -g -O2 -fdefault-real-8"

pytest : testsub.f90
        $(F2PY) --fcompiler=$(FC) --f90flags=$(PYFLAGS) -c $(NCINC) -m testpymod testsub.f90 $(NCLIB)

clean :
        rm testpymod.so

我有 NetCDF 库并包含安装在给定路径中的文件。当我使用make pytest 运行makefile 时，出现以下错误：

/usr/bin/ld: /home/sonaljit/anaconda2/lib/libnetcdf.a(netcdf.o): relocation R_X86_64_32 against `.rodata' can not be used when making a shared object; recompile with -fPIC
/home/sonaljit/anaconda2/lib/libnetcdf.a: error adding symbols: Bad value
collect2: error: ld returned 1 exit status

但是，当我注释掉模块中的 NetCDF 行时，我没有看到此错误。 f2py 似乎无法链接到 NetCDF 例程。这里有什么错误？是因为代码的结构吗？或者，我是否需要包含其他一些库？

Answer 1

您正在编译一个共享（动态）库，您应该使用 NetCDF 的共享库版本。

如果您自己安装了 NetCDF（如您的 /home/sonaljit 中的路径所建议的那样），您应该安装 .so 版本并与此版本链接。