f2py 与 fortran netcdf答案

【问题标题】：f2py with fortran netcdff2py 与 fortran netcdf
【发布时间】：2013-11-11 17:42:07
【问题描述】：

我正在尝试使用 f2py 编译一些使用 netcdf 库的 fortran 代码。编译似乎可以工作，但是当我尝试在 python 中导入模块时，我收到错误消息：

Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
ImportError: ./cdfio_simple.so: undefined symbol: netcdf_mp_nf90_get_var_2d_fourbytereal_

编译时还有如下输出：

在：:cdfio_simple:cdfio_simple.f90:cdfio_simple get_useparameters：没有 cdfio_simple 使用的模块 netcdf 信息

我尝试使用的代码是（注意这是演示问题的简化代码）：

模块 cdfio_simple 使用 netcdf 私人的公共 getvar 包含函数 getvar (cdfile,cdvar) CHARACTER(LEN=*), INTENT(in) :: cdfile, & !文件名＆cdvar！多变的真实（种类=4），尺寸（1442,1021）：：getvar！ 2D 真实！！ * 局部变量整数 :: ncid, id_var 整数 :: 状态字符（长度 = 300）：：clvar !f2py INTENT(in):: cdfile, cdvar clvar=cdvar 状态=NF90_OPEN(cdfile,NF90_NOWRITE,ncid) 状态=NF90_INQUIRE(ncid,unlimitedDimId=id_dimunlim) 状态=NF90_INQ_VARID (ncid,clvar,id_var) 状态=NF90_GET_VAR(ncid,id_var,getvar) 状态=NF90_CLOSE(ncid) getvar(:,:)=1 结束函数 getvar 结束模块 cdfio_simple

要编译它，我使用以下命令：

f2py --fcompiler=intelem -c -I/usr/local/netcdf/include/ -L/usr/local/netcdf/lib -lnetcdff --f90flags=-fPIC -m cdfio_simple cdfio_simple.f90

有人知道我怎样才能让它正常工作吗？提前感谢您的任何建议。

提姆

【问题讨论】：

你也需要-lnetcdf吗？
感谢您的建议。我已经尝试过-lnetcdf、-lnetcdff 以及两者。我仍然遇到同样的错误。
根据unidata 消息，两者结合在一起意味着新的方式。 nc-config --fflags --flibs 说什么？
对于我指向的 netcdf 版本（使用 ifort 编译），它给出：-g -I/path/to/netcdf4/ifort/include-L/path/to/netcdf4/ifort_composerxe/lib -lnetcdff -lnetcdf

标签： python fortran netcdf f2py

【解决方案1】：

来自编译器的“no module netcdf”错误消息可能是指示以下任一问题：

没有安装 netcdf.mod 模块文件 /usr/local/netcdf/include/，它应该有的地方作为安装的一部分被安装 netcdf-fortran 软件
您使用的 Fortran 编译器与以前使用的不同创建安装在该目录中的 netcdf.mod 模块文件。不同的 Fortran 编译器有不同的格式二进制 .mod 文件。

【讨论】：

再次感谢您的建议。我已经检查了这两个。我不小心在某一时刻错误地设置了 netcdf 包含文件的路径，并且在 USE netcdf 行编译失败。我还尝试使用不同的编译器，然后返回一条错误消息，指出 netcdf 库是使用不同的编译器构建的。我应该补充一点，我能够在本机 fortran 中编译和调用这个模块，所以使用 f2py 而不是 fortran 编译本身是一个问题。