处理 SLURM .out 输出答案

【问题标题】：Handling SLURM .out output处理 SLURM .out 输出
【发布时间】：2018-03-14 10:01:12
【问题描述】：

我正在使用sbatch 运行脚本，并且我希望将输出文本从某个点写入文件中，即我想回显一些文本以便用户可以看到，但是在某个命令之后我想要所有输出都写入一个文件。有没有办法做到这一点？如果没有，如何完全禁用输出日志记录？

编辑：示例：

#!/bin/bash
#SBATCH --partition analysis
#SBATCH --nodes 1
#SBATCH --ntasks-per-node 1
#SBATCH --exclusive
#SBATCH --time 14-0
#SBATCH -c1
#SBATCH --mem=400M
#SBATCH --job-name jupyter

module load jupyter

## get tunneling info
XDG_RUNTIME_DIR=""

ipnip=$(hostname -i)


echo "
    Copy/Paste this in your local terminal to ssh tunnel with remote
    -----------------------------------------------------------------
    ssh -N -L 7905:$ipnip:7905 USER@HOST
    -----------------------------------------------------------------
    "
##UP UNTIL HERE ECHO TO TERMINAL

##FROM NOW ON, ECHO TO A FILE

## start an ipcluster instance and launch jupyter server
jupyter-notebook --no-browser --port=7905 --ip=$ipnip

【问题讨论】：

您能否提供更多信息，以及您希望看到的示例？
@CarlesFenoy 添加
您不能使用 sbatch 写入终端，因为它不是交互式工作。你可以用 srun 做到这一点，但你需要为此实现一个包装器

标签： slurm sbatch

【解决方案1】：

根据我上面的评论，无法使用批量提交的作业写入终端。

您可以通过以下方式使用 srun 来做到这一点：

#!/bin/bash
srun --partition analysis --nodes 1 --ntasks-per-node 1 --exclusive --time 14-0 -c1 --mem=400M --job-name jupyter wrapper.sh

包装器.sh：

#!/bin/bash
module load jupyter

## get tunneling info
XDG_RUNTIME_DIR=""

ipnip=$(hostname -i)


echo "
    Copy/Paste this in your local terminal to ssh tunnel with remote
    -----------------------------------------------------------------
    ssh -N -L 7905:$ipnip:7905 USER@HOST
    -----------------------------------------------------------------
    "
##UP UNTIL HERE ECHO TO TERMINAL

##FROM NOW ON, ECHO TO A FILE
exec > $SLURM_JOBID.out 2>&1
## start an ipcluster instance and launch jupyter server
jupyter-notebook --no-browser --port=7905 --ip=$ipnip

【讨论】：