重命名 R 中 Matrix 中的行和列名，'dimnames' [1] 的长度不等于数组范围

Question

我想写一个函数来重命名矩阵的行和列。

我的功能是

changeMatrixName<- function(mat){
     nameRow<-vector(mode="character",length=nrow(mat))
     nameCol<-vector(mode="character",length=ncol(mat))
     nameCol<- colnames(mat)
     nameRow<- rownames(mat)
     #annotation[annotation$probeID==c("ILMN_1814092","ILMN_1668851"),]$symbol
     rowGeneName<-vector(mode="character",length=nrow(mat))
     colGeneName<-vector(mode="character",length=ncol(mat))


     rowGeneName<-annotation[annotation$probeID==c(nameRow),]$symbol
     colGeneName<-annotation[annotation$probeID==c(nameCol),]$symbol
     row.names(mat)<-rowGeneName
     col.names(mat)<-colGeneName
     return(mat)
  }

我有一个类似的测试矩阵

      ILMN_1814092 ILMN_1805104 ILMN_2070570 ILMN_2232084 ILMN_1704579
 ILMN_1802380 4.972073e-03  0.016279737 0.0076933191 0.0214107369  0.001951975
 ILMN_1753196 2.222289e-04  0.080954797 0.0389565797 0.0220420297  0.002545084
 ILMN_1753830 1.657137e-05  0.009063726 0.0004676619 0.0008824427  0.007684124

当我跑步时

test2

rownames<-(x, value) 中的错误： 'dimnames' [1] 的长度不等于数组范围 另外：警告信息： 在注释$probeID == c(nameRow) 中： 较长的对象长度不是较短对象长度的倍数

Answer 1

如果没有数据很难确定，但您几乎可以肯定想要这样的东西：

rowGeneName <- annotation[match(nameRow, annotation$probeID),]$symbol
colGeneName <- annotation[match(nameCol, annotation$probeID),]$symbol

现在，您正在使用的内容将覆盖您的 row 和 col 向量，其长度不太可能是原始向量的长度。看表情：

annotation$probeID==c(nameRow)

在那里，您将获取 nameRow 中的值，并将它们与 probeID 的值逐个值进行比较，而不管其中的顺序如何。那些恰好匹配的将返回 TRUE，因此您将获得一个带有但是，通过将这两个向量并排放置，您会随机获得许多匹配项。

换一种思考方式，上面的表达式只有在probeID 的长度与nameRow 和nameColumn 的长度完全相同，并且包含与两者的顺序完全相同的值时才会按预期工作nameRow 和 nameColumn，此时你可以直接设置 rowGeneName 和 colGeneName 等于 annotation$symbol。

match 实际上会在第二个向量中搜索第一个向量的值，并返回匹配的第二个向量的索引位置。