icenReg：“dimnames”[2] 的长度不等于数组范围

Question

我正在尝试在 R 中运行一个区间删失的 Cox 模型。icenReg 包有一个函数 ic_sp 来执行此操作。但是，当我给它一个因子变量作为预测变量时，我遇到了一个问题。

data = data.frame(R = c(2, 1, 4, 7, 4, 6, 8, 8, 12, 3),
                  L = c(3, 1, 4, 7, 5, 6, 8, 9, 12, 3),
                  gender = c("m", "f", "f", "m", "m", "f", "f", "m", "f", "m"))
s = survival::Surv(data$R, data$L, type = 'interval2')
icenReg::ic_sp(s ~ relevel(gender, "f"), model = 'ph', bs_samples = 5, data = data)

> Error in dimnames(x) <- dn : length of 'dimnames' [2] not equal to array extent

我已经调试了函数并逐步完成了它。看来问题出在

myFit <- new(callText)

在 fit_ICPH 子函数中，因为在它抱怨之后

Error in fit$model == "ph" : comparison (1) is possible only for atomic and list types    

我尝试过使用这个“新”功能，但当时我无法使用它。

任何帮助将不胜感激！这一切都包含在一个闪亮的应用程序中，所以如果可能的话，我真的不想编辑数据集；数据集和公式都是反应式的。

奇怪的是，虽然可能不是一旦我找到了解决方案，但如果变量有 3 个级别，它就可以工作。

data = data.frame(R = c(2, 1, 4, 7, 4, 6, 8, 8, 12, 3),
                  L = c(3, 1, 4, 7, 5, 6, 8, 9, 12, 3),
                  gender = c("m", "a", "f", "m", "m", "f", "a", "m", "f", "m"))
s = survival::Surv(data$R, data$L, type = 'interval2')
icenReg::ic_sp(s ~ relevel(gender, "f"), model = 'ph', bs_samples = 5, data = data)
> results...

Answer 1

由于公式内部的relevel 调用而出现此问题。将来我会考虑允许这样做（这是 icenReg 的作者）。

一种解决方法是仅在函数调用之外重新调整数据级别。例如，以下将正常工作：

# Same data as above, 
# but changing L to be left side of interval, R as right side
data = data.frame(L = c(2, 1, 4, 7, 4, 6, 8, 8, 12, 3),
              R = c(3, 1, 4, 7, 5, 6, 8, 9, 12, 3),
              gender = c("m", "f", "f", "m", "m", "f", "f", "m", "f", "m"))

# Releveling the code outside formula
data$gender_f <- relevel(data$gender, 'f')

# Fitting model using cbind syntax
icenReg::ic_sp(cbind(L, R) ~ gender_f, model = 'ph', bs_samples = 5, data = data)