将文本与R中可变大小的图对齐

Question

我对使用 R 的强大功能创建图形输出非常陌生。

我使用 metafor 包中的 forest() 函数来创建我的元分析的森林图。我使用循环生成多个图，然后通过 png() 保存它们。

for (i in 1:ncol(df)-2)){
  dat <- escalc(measure="COR", ri=ri, ni=ni, data=df) # Calcultes Effect Size
  res_re <- rma.uni(yi, vi, data=dat, method="DL", slab=paste(author)) # Output of meta-analysis

  png(filename=path, width=8.27, height=11.69, units ="in", res = 210)
  forest(res_re, showweight = T, addfit= T, cex = .9) 
  text(-1.6, 18, "Author(s) (Year)", pos=4)     
  text( 1.6, 18, "Correlation [95% CI]", pos=2)
  dev.off()
}

如果情节的大小相等，这将非常有用。但是，循环的每次迭代都会在森林图中整合不同数量的研究。因此，文本元素不在正确的位置，并且有许多研究的森林图看起来有点奇怪。我有两个问题：

1. 如何将“作者（年份）”和“相关性 [95%CI]”自动与森林图的大小变化对齐，以使标题位于森林表的上线之上?
2. 如何缩放森林图的大小，以使所有图的文本元素的宽度和大小都相同，并且对于每个额外的研究，只需添加一个新行（改变高度）？李>

每个森林图应如下所示：

Answer 1

以下是您必须执行的操作：

1. 我会修复 xlim 跨地块，以便有一个固定位置放置“作者（年份）”和“相关性 [95%CI]”标题。生成森林图后，查看par()$usr[1:2]。使用这些值作为调整 xlim 的起点，使其适用于您的所有绘图。然后将这两个值用于对text() 的两次调用。

2. 每个图中都有k 行。标题应该在上面两行。所以，使用text(<first xlim value>, res_re$k+2, "Author(s) (Year)", pos=4) 和text(<second xlim value>, res_re$k+2, "Correlation [95% CI]", pos=2)

3. 将text() 中的cex 设置为您在调用forest() 时指定的相同值。

4. 最后一部分很棘手。您已经修复了cex，因此文本元素的大小在绘图中应该相同。但是如果有更多的研究，那么k 行会被塞进更少的空间，因此它们之间的分离度会降低。如果我理解正确，您希望通过调整绘图的实际高度来保持绘图之间的行间距相等。本质上，这将需要在对png() 的调用中使height 成为k 的函数。对于每个额外的研究，需要向height 添加额外的数量，以使行间距保持不变，因此类似于height=<some factor> + res_re$k * <some factor>。但是作为k 的函数的高度增加也可能是非线性的。要做到这一点需要大量的尝试和错误。可能有一种巧妙的方式来以编程方式确定这一点（深入了解?par 和?strheight）。

所以让其他人更容易插话，你问题的最后一部分归结为：我如何调整绘图设备的height值，以便@中的行之间的绝对间距987654342@ 和 plot(1:20) 保持相等？这本身就是一个有趣的问题，所以我将把它作为一个单独的问题发布。

Answer 2

ad 4.：在 Wolfgangs question (Constant Absolute Spacing of Row in R Plots) 中，您将了解如何根据其中的行数制作绘图高度。

对于forest()，它的工作方式会有所不同，因为此函数在内部修改了par("mar")-values。

但是，如果您将边距设置为零，您只需要在您的forest()-函数中包含属性yaxs="i"，这样y 轴将针对数据范围进行分段，仅此而已。该设备需要配置为高度为(length(ma$yi)+4.5)*fact*res，fact 为英寸/行（见下文），res 为像素/英寸（分辨率）。

4.5 取决于您是否在元分析模型中留下了 addfit=T 和 intercept=T（在这种情况下，forest() 内部设置了 ylim <- c(-1.5, k + 3)）。否则你必须使用2.5（而不是ylim <- c(0.5, k + 3)）。

如果您想使用边距，请执行以下操作（在发现一些错误后，我编辑了以下部分）：

res <- 'your desired resolution' # pixels per inch
fact <- par("mai")[1]/par("mar")[1] # calculate inches per line
### this following part is copied from inside the forest()-function.
# forest() modifies the margin internally in the same way.
par.mar <- par("mar")
par.mar.adj <- par.mar - c(0, 3, 1, 1)
par.mar.adj[par.mar.adj < 0] <- 0
###
ylim <- c(-1.5, length(ma$yi)+3) # see above
ylim.abs <- abs(ylim[1])+abs(ylim[2])-length(ma$yi) # calculate absolute distance of ylim-argument
pixel.bottom <- (par.mar.adj[1])*fact*res # calculate pixels to add to bottom and top based on the margin that is internally used by forest().
pixel.top <- (par.mar.adj[3])*fact*res
png(filename='path', 
    width='something meaningful', 
    height=((length(ma$yi)+ylim.abs)*fact*res) + pixel.bottom + pixel.top, 
    res=res)
par(mar=par.mar) # make sure that inside the new device the margins you want to define are actually used.
forest(res_re, showweight = T, addfit= T, cex = .9, yaxs="i")
...
dev.off()