rasterio 和 shapely 之间是否存在一些冲突？答案

【问题标题】：Is there some clashes between rasterio and shapely?rasterio 和 shapely 之间是否存在一些冲突？
【发布时间】：2021-09-09 23:11:01
【问题描述】：

我尝试使用需要 shapely 模块的 natcap.invest 模块，并在我的项目中使用 rasterio 模块。如果我只导入 natcap.invest 模块，它可以成功运行。但是如果我同时导入 natcap.invest 和 rasterio，它似乎无法工作。

[case1] 当我 import rasterio before 运行主代码时，运行主代码时报：GEOSGeom_createLinearRing_r返回一个NULL指针。

[case2]当我import rasterio 之后我运行主代码成功，导入rasterio模块时报：ImportError: DLL load failed: the given module is not found.

代码如下：

import logging
import sys
import numpy as np
import natcap.invest.hydropower.hydropower_water_yield
import natcap.invest.utils

import xarray as xr
import rasterio                      # case 1



# main code
LOGGER = logging.getLogger(__name__)
root_logger = logging.getLogger()

handler = logging.StreamHandler(sys.stdout)
formatter = logging.Formatter(
    fmt=natcap.invest.utils.LOG_FMT,
    datefmt='%m/%d/%Y %H:%M:%S ')
handler.setFormatter(formatter)
logging.basicConfig(level=logging.INFO, handlers=[handler])

args = {
    'biophysical_table_path': 'F:/biophysical_table_gura.csv',
    'depth_to_root_rest_layer_path': 'F:/depth_to_root_restricting_layer_gura.tif',
    'do_scarcity_and_valuation': False,
    'eto_path': 'F:/reference_ET_gura.tif',
    'lulc_path': 'F:/land_use_gura.tif',
    'pawc_path': 'F:/plant_available_water_fraction_gura.tif',
    'precipitation_path': 'F:/precipitation_gura.tif',
    'results_suffix': 'temp1',
    'seasonality_constant': '5',
    'sub_watersheds_path': '',
    'watersheds_path': 'F:/watershed_gura.shp',
    'workspace_dir': 'F:/OUTPUT',
}

if __name__ == '__main__':
    natcap.invest.hydropower.hydropower_water_yield.execute(args)     # where error of case 1 occurs.




import rasterio                   # case 2     # where error of case 2 occurs.

有没有什么方案可以让我同时成功导入和使用这两个模块？

【问题讨论】：

我猜主要原因是rasterio和shapely不兼容，但我不知道如何处理。

标签： python python-import python-xarray shapely rasterio

【解决方案1】：

如果两个模块导入不同版本的 GEOS 库，可能会出现问题。确保从同一个源安装这两个模块，或者从同一个 GEOS 库的源构建它们。

文档中提供了有关如何执行此操作的更多信息：https://shapely.readthedocs.io/en/latest/project.html#installing-shapely

内置发行版

内置发行版是没有或没有的用户的唯一选择不知道如何使用他们平台的编译器和 Python SDK，以及对于不想打扰的用户来说，这是一个不错的选择。

Linux、OS X 和 Windows 用户可以通过 GEOS 获得 Shapely Wheels 包含在最新版本的 pip 的 Python 包索引中 (8+):

$ pip install shapely

Shapely 可通过 apt 等系统包管理工具获得， yum 和 Homebrew，也由流行的 Python 提供 Canopy 和 Anaconda 等发行版。如果你使用 Conda 包要安装 Shapely，请务必使用 conda-forge 频道。

Windows 用户还有另一个不错的安装选项：轮子发表于https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#shapely。这些可以通过指定整个 URL 使用 pip 安装。

来源分布

如果您想从源代码构建 Shapely 以与其他依赖于 GEOS 的模块（例如 cartopy 或 osgeo.ogr）或想要使用与项目中包含的不同版本的 GEOS 您应该首先安装 GEOS 库、Cython 和 Numpy 您的系统（使用 apt、yum、brew 或其他方式），然后直接 pip 忽略二元轮。

$ pip install shapely --no-binary shapely

如果您已将 GEOS 安装到标准位置，geos-config 程序将用于获取编译器和链接器选项。如果 geos-config 不在您的可执行文件中，可以使用 GEOS_CONFIG 环境变量，例如：

$ GEOS_CONFIG=/path/to/geos-config pip install shapely

【讨论】：