绘制均值和标准。衍生R中的对数数据答案

【问题标题】：Plotting mean and std. deriv. of logarithmic data in R绘制均值和标准。衍生R中的对数数据
【发布时间】：2011-08-09 14:28:17
【问题描述】：

我想以 loglog 比例绘制存储在两个向量（x 和 y）中的一些数据。此外，我想添加平均值和标准导数（稍后使用条形图）。

我的问题是，我的 y 数据向量中有零，然后“平均”函数将 log(0) (=-Inf) 作为参数并返回 -Inf

qplot(x, y, log="xy") + stat_summary(fun.y=mean, geom="point")

如何使“平均”函数作用于“正常”数据而不是记录数据？

干杯，

曼努埃尔

【问题讨论】：

标签： r logging mean ggplot2

【解决方案1】：

计算转换前的统计数据。

暂时忽略对数刻度，我认为您要绘制的内容是这样的

p <- ggplot(dfr) + 
  geom_point(aes(x, y)) +       
  geom_point(
    aes(
      x = mean(x), 
      y = mean(y)
    ), 
    colour = "blue",
    size = 5
  ) +
  geom_rect(
    aes(
      xmin = mean(x) - sd(x),
      xmax = mean(x) + sd(x), 
      ymin = mean(y) - sd(y),
      ymax = mean(y) + sd(y)
    ),
    alpha = 0.2
  ) 
p

现在像往常一样添加对数刻度

p +
  scale_x_log10() + 
  scale_y_log10()

当然，您的零不会显示在图表上，因为它们不应该显示。要处理它们，您可以选择从数据集中删除它们或替换一个小的正数。

编辑：如果您想要按 x 值分组的 y 值的统计信息，听起来您的 x 变量是一个因素，在这种情况下您可能需要一个条形图。条形图的对数 y 刻度是一个坏主意，但您可以证明平方根变换是合理的。

【讨论】：

嗨，Richie，感谢您的回复。抱歉，我没有准确地写下我想要的内容：我不想要平均值和标准。德尔。所有数据，但平均值和标准差。德尔。对于每个 x 坐标的所有 y 数据点。
好的，我刚刚在我的值中添加了 1e-5 ;)

【解决方案2】：

阅读coord_trans 的帮助页面。使用coord_trans(xtrans = 'log10', ytrans = 'log10') 可以帮助您创建对数对数图，因为坐标转换发生在计算所有统计数据之后。

【讨论】：