如何在 R 中的 Boxplot 中绘制均值和标准误差答案

【问题标题】：How to plot mean and standard error in Boxplot in R如何在 R 中的 Boxplot 中绘制均值和标准误差
【发布时间】：2014-11-17 22:19:21
【问题描述】：

我有两个分类因素（“栖息地”和“地点”）和一个连续变量 (T)。 “栖息地”有两个层次，“地方”有八个层次。我想更改默认胡须以表示 SE，并将中值更改为每个箱线图的平均值。有没有办法做到这一点，并在绘图时考虑这两个分类因素？提前谢谢了。

这是我对 boxplot ggplot 的默认设置所做的，显示了具有中值间隔的第一和第三四分位数。

ggplot(data,aes(x=Locality,y=T)) + 
  geom_boxplot(aes(fill=interaction(Habitat,Locality), 
                   group=interaction(factor(Habitat),Locality)),
               outlier.shape=1,outlier.size=3) + 
  theme_bw() + 
  theme(
    panel.grid.major=element_blank(),
    panel.grid.minor=element_blank(),
    axis.line=element_line(colour='black'),
    legend.position='none',
    axis.text.x=element_text(angle=90,hjust=1,size=12)) + 
  scale_y_continuous('T') + 
  xlab('Locality')

【问题讨论】：

标签： r ggplot2 mean boxplot standard-error

【解决方案1】：

首先编写一个函数来计算 min、mean-1SEM、mean、mean+1SEM 和 Max。然后使用stat_summary 将这 5 个值映射到箱线图上。

library(gridExtra)
library(ggplot2)

MinMeanSEMMax <- function(x) {
  v <- c(min(x), mean(x) - sd(x)/sqrt(length(x)), mean(x), mean(x) + sd(x)/sqrt(length(x)), max(x))
  names(v) <- c("ymin", "lower", "middle", "upper", "ymax")
  v
}

g1 <- ggplot(mtcars, aes(factor(am), mpg)) + geom_boxplot() +
  ggtitle("Regular Boxplot")

g2 <- ggplot(mtcars, aes(factor(am), mpg)) +
  stat_summary(fun.data=MinMeanSEMMax, geom="boxplot", colour="red") + 
  ggtitle("Boxplot: Min, Mean-1SEM, Mean, Mean+1SEM, Max")


grid.arrange(g1, g2, ncol=2)

【讨论】：

很好的答案，谢谢。你将如何做同样的事情，但有子组？例如，如果您的 x 轴上有 0A、0B、1A 和 1B？

【解决方案2】：

我希望这是可能的，但也可以放置一个红色八角形的交通标志，上面写着“前方限速提高”，我希望这两者都会更令人困惑，这很有帮助。箱线图对部件所代表的内容有一个标准定义。当用户看到箱线图时，他们不应该通过额外的心理体操来重新思考不同部分的含义。如果您不想表示这些标准摘要，为什么不使用不同的表示。 geom_crossbar 或 geom_errorbar 函数/几何图形可能更适合您的显示（并且可能比尝试修改箱线图几何图形更易于使用）。

【讨论】：