如何使用 windows 在 php 上运行 blast

Question

我正在尝试在我的 php 程序中运行 blast，但没有得到任何结果。我以前从未使用过blast，所以我不确定我应该做什么。我正在使用 Windows，它工作得很好，但是当我尝试通过 php 运行它时，我没有得到任何结果。这是我的代码：

$texto = "7 qseqid qseq sseqid sseq evalue bitscore";
$cmd = "blastp -query -test_query.fa -db notas.fa -task blastp -outfmt '.$texto.' -out musica1.fa  2>&1";
$result = shell_exec($cmd);
print_r ($result);

我想要的是在 notas.fa 数据库中搜索 test_query.fa，并将结果放在 musica1.fa 上。但是我的 musica1.fa 文件什么也没得到。有人可以帮我吗？我真的迷路了。 我刚刚告诉您的文件在我的目录中，我应该在其中有任何其他文件以便它工作吗？ 当我运行此代码时，我收到以下消息：

'Blastp' 不是内部或外部命令，可操作 程序或批处理文件。

Answer 1

我假设当您说“在 Windows 上”时，您的意思是在命令终端中，而“在我的 php 程序中”您的意思是在同一台 Windows 机器上运行，blastp 通过命令终端运行 php 脚本。

这似乎是您的用户有但未为 php 脚本设置的环境路径问题。*

尝试在您的 php 脚本中使用 blastp 可执行文件的完整路径名，例如：

$cmd = "C:/full/path/to/blastp ...";

如果你不知道的话，我想你可以在命令终端中使用where blast*来查找程序的路径。