使用 fastq-dump 转换一堆或 SRA 文件

Question

我最近下载了一堆 sra 文件。我喜欢将它们转换为 fastq 配对读取。这样做是有效的：

./fastq-dump --split-files /Users/medsmit/ncbi/public/sra/SRR3501908.sra

但我需要一种方法将它们全部转换在一起。

我正在尝试这个

for i in  `ls /Users/medsmit/ncbi/public/sra/*.sra' ; do ./fastq-dump -- split-files $f; done

但肯定会犯一些愚蠢的错误，因为它不起作用。谁能帮帮我吗？谢谢， 苏帕纳

Answer 1

可能只是将 $f 更改为 $i... 错字：

for i in /Users/medsmit/ncbi/public/sra/*.sra
do
    ./fastq-dump -- split-files $i
done