Biopython 找不到文件答案

【问题标题】：Biopython cannot find fileBiopython 找不到文件
【发布时间】：2012-09-09 13:18:29
【问题描述】：

我正在尝试从 Python 提示符运行 qblast，在导入我需要的所有库后，Python 找不到我的文件：

>>> record = SeqIO.read(open("sinchimeras_1.fasta"), format="fasta")
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
IOError: [Errno 2] No such file or directory: 'sinchimeras_1.fasta'

我试图写下文件的所有路径（“/Users/imac...”）并将文件移动到 Python 和 Biopython 文件夹，我得到了相同的消息。

我必须在哪里保存我的文件？我做错了什么？

【问题讨论】：

标签： biopython blast

【解决方案1】：

您需要将该文件移动到您的工作目录或使用绝对路径。

这个问题与Biopython无关； IOError 来自open("sinchimeras_1.fasta")。

说明

当您为 Python 提供相对路径“sinchimeras_1.fasta”时，它会在当前目录中查找此类文件。因此，不要将您的 Fasta 文件移动到 Python/Biopython 文件夹，而是确保它位于您的工作目录中（os.getcwd() 可能会有所帮助）。

或者，您可以提供文件的绝对路径来代替“sinchimeras_1.fasta”（例如open("/Users/imac.../sinchimeras_1.fasta")）。

【讨论】：

我已经尝试写下绝对路径，但它仍然不起作用...我现在正在检查文件格式是否有任何问题或类似的东西，但我没有认为这是问题所在。
实际上，我的文件有问题：S 现在我正在尝试一种不同的方法，将其视为一个字符串（我在一个 fasta 文件中有多个序列），但我认为现在有一个read() 命令的问题。