如何在 gamm mgcv 模型上使用反向链接函数答案

【问题标题】：How to use inverse link functions on gamm mgcv model如何在 gamm mgcv 模型上使用反向链接函数
【发布时间】：2020-05-01 23:01:58
【问题描述】：

我使用了反向链接函数，

ilink <- family(gam_model)$linkinv

用于创建时间序列交互图，效果很好。

我将模型替换为 gamm 模型，以考虑模型中的自相关。是否可以在 gamm 模型上使用反向链接函数？我试过了

ilink <- family(gamm_model)$linkinv
ilink <- family(gamm_model$gam)$linkinv
ilink <- family(gamm_model$lme)$linkinv

但对于所有选项，它都会显示错误：

UseMethod("family") 中的错误：没有适用于“家庭”的方法应用于“c（'gamm'，'list'）”类的对象

UseMethod("family") 中的错误：没有适用于“家庭”的方法应用于“gam”类的对象

UseMethod("family") 中的错误：没有适用于“家庭”的方法应用于“lme”类的对象

第二个选项令人惊讶，因为它适用于原始 gam 模型，名为“gam”

谢谢德沃拉

【问题讨论】：

标签： r gam mgcv

【解决方案1】：

这是mgcv::gamm() 有点笨拙的不幸副作用之一。

$gam 组件实际上包含一个$family 组件，只是$gam 对象仅属于"gam" 类，而mgcv::gam() 模型对象也 /em> 继承自类 "glm" 并且有一个 family.glm 方法。我相信这是由于$gam 对象不是完全兼容的"gam" 对象，因此不是完整的"glm" 对象，因此它不是从"glm" 继承的。这也可能只是一个疏忽；很长一段时间，mgcv::gamm() 返回的对象只是 "list" 类！

最简单的方法是为 "gamm" 类的对象和 "gam" 类的对象编写自己的 family 方法（这样您就不必记住要从哪个组件中提取）：

family.gamm <- function(object, ...) {
    family(object$gam)
}

family.gam <- function(object, ...) {
    object$family
}

鉴于family.glm 的定义与上面的.gam 方法的定义完全匹配，因此在您的工作区中保留此功能不会干扰mgcv 的其余部分。 p>

library("mgcv")
set.seed(1)
dat <- gamSim(1, n = 400, dist = "normal", scale = 2, verbose = FALSE)
m1 <- gam(y ~ s(x0) + s(x1) + s(x2) + s(x3), data = dat, method = "REML")
m2 <- gamm(y ~ s(x0) + s(x1) + s(x2) + s(x3), data = dat, method = "REML")

family(m1)
family(m2)

制作

> family(m1)

Family: gaussian 
Link function: identity 

> family(m2)

Family: gaussian 
Link function: identity

【讨论】：