【问题标题】:Coefficient of inbreeding / wrights algorithm / genetics近交系数/莱特算法/遗传学
【发布时间】:2010-10-20 02:29:19
【问题描述】:

我正在寻找一个很好的伪代码 - 或者更好的实际代码 sn-ps - 在我为存储在 SQL Server 数据库中的绵羊的家谱数据库上实现 wrights 算法。

我有一个非常古老的 C 程序,它针对一个平面文本文件工作,直到人口变得如此之大以至于算法崩溃 - 因为整个事情都是在内存中完成的,所以针对数据库的实现会更好......

有人看到过类似的东西可以指点我吗?

【问题讨论】:

    标签: genetic-algorithm genealogy


    【解决方案1】:

    如果您不想自己动手,可以使用 Python pypedal package 代替 calculating the inbreeding coefficient,即 supports SQL databases

    Pypedal 计算近亲繁殖系数的代码是here

    【讨论】:

      【解决方案2】:

      在家谱中,我们将其称为coefficient of relationship (COR)。在GitHub 有一些为 Neo4j 插件设计的 Java 代码;它在那里调用其他功能。它使用个体到共同祖先之间的路径长度来计算 COR。通过近亲繁殖,有多个共同的祖先和“谱系崩溃”,这也更容易对图表进行 svg 可视化。

      【讨论】:

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