【问题标题】:How to install rgdal package in R with non system-wide gdal installation如何使用非系统范围的 gdal 安装在 R 中安装 rgdal 包
【发布时间】:2019-09-05 07:11:21
【问题描述】:

我在没有管理权限的 Linux 机器上,我需要安装 rgdal 包。我已经从源代码编译了 gdal 并将其安装在我有权访问的自定义文件夹中。 当我尝试安装 rgdal 时:

install.packages("rgdal", lib = "libs")

我明白了:

* installing *source* package ‘rgdal’ ...
** package ‘rgdal’ successfully unpacked and MD5 sums checked
ERROR: 'configure' exists but is not executable -- see the 'R Installation and Administration Manual'

这是因为它寻找系统范围的 gdal (dev) 安装。如何指定我的 gdal 安装在别处?

我已尝试添加:

configure.args = "--libdir=/home/user/opt/gdal"

但无济于事。

谢谢


根据 cmets 中的讨论编辑 2019-04-16

libgdal-dev 现在由系统管理员安装。尝试安装rgdal时仍然收到以下错误:

 * installing source package ‘rgdal’ ... 
** package ‘rgdal’ successfully unpacked and MD5 sums checked ERROR: 'configure' exists but is not executable -- see the 'R Installation and Administration Manual' 
* removing ‘/home/leomarg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/rgdal’ 
Warning in install.packages : installation of package ‘rgdal’ had non-zero exit status

【问题讨论】:

  • 试试--with-gdal-config=/home/user/opt/gdal?
  • 谢谢,那也没用。
  • 这是我找到的最好的资源:@​​987654321@ 我在install.packages("rgdal", configure.args = "--with-gdal-config=/path/to/gdal-config") 方面取得了一些进展(在终端中使用which gdal-config 找到它)
  • 再次尝试 install.packages("rgdal", type = "source", configure.args ="--with-gdal-config=/home/user/opt/gdal/bin/gdal -config") 但仍然收到相同的错误消息。但我现在意识到这可能是其他一些问题,因为我让我的系统管理员安装了 libgdal-dev 并且也无法编译。因此,您的解决方案可能是解决问题的正确解决方案,但我应该从另一个角度看待问题。不知道现在该怎么办,我应该将您的解决方案标记为有效,还是将我的问题标记为无效,或者..?
  • 所以,这是我拥有的软件包: $ apt list --installed | grep libgdal* libgdal-dev/xenial,现在 2.2.2+dfsg-1~xenial1 amd64 [已安装] libgdal1i/xenial,现在 1.11.3+dfsg-3build2 amd64 [已安装,自动] libgdal20/xenial,现在 2.2.2+ dfsg-1~xenial1 amd64 [已安装,自动] libgdata-common/xenial,现在 0.17.4-1 所有 [已安装,自动] libgdata22/xenial,现在 0.17.4-1 amd64 [已安装,自动]

标签: r installation package rgdal


【解决方案1】:

可能是您的/tmp 目录没有必要的执行权限。

创建一个用户特定的tmp 目录并将其添加到您的路径中:

mkdir ~/tmp
export TMPDIR=~/tmp

来源:https://www.r-bloggers.com/using-r-package-installation-problems/

【讨论】:

  • 不需要这样做,可以使用destdir参数指定下载文件夹。然而这并没有解决问题。感谢您的尝试。
  • 恐怕我没有建议了!
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