rgdal包安装

Question

这里的问题不完全是如何通过 R 绘制地图，因为我已经找到了一个非常好的示例 here，而是如何使它工作。事实上，我无法加载库rgdal：

library(rgdal)
Error in library(rgdal) : there is no package called ‘rgdal’

但是，当我尝试手动安装上述软件包时，出现以下错误：

....
configure: error: proj_api.h not found in standard or given locations.
ERROR: configuration failed for package ‘rgdal’
* removing ‘/home/eualin/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/rgdal’
Warning in install.packages : installation of package ‘/home/eualin/Downloads/rgdal_0.8-5.tar.gz’ had non-zero exit status

欢迎任何意见！

Answer 1

如果您查看package page on CRAN，您将看到以下内容：

系统要求：用于从源代码构建：GDAL >= 1.7.1 库 来自http://trac.osgeo.org/gdal/wiki/DownloadSource 和来自http://trac.osgeo.org/proj/ 的PROJ.4 (proj >= 4.4.9)；由 William Kyngesburye 在http://www.kyngchaos.com/ 构建的 GDAL OSX 框架可用于 源安装在 OSX 上。

由于您似乎在 Linux 下，您总是从源代码构建包，因此您必须在系统上安装相应的库。如果你在 Mint、Ubuntu 或其他 Debian 衍生产品下，你可以这样做：

$ sudo apt-get install libgdal1-dev libproj-dev

在基于 Debian 的系统下，一个有用的提示是安装 apt-file 包并运行：

$ sudo apt-file update

然后，当你得到一个错误比如：

configure: error: proj_api.h not found in standard or given locations.

您可以使用以下命令查找必须安装哪个软件包才能获取丢失的文件：

$ apt-file search proj_api.h
libproj-dev: /usr/include/proj_api.h

Answer 2

如果您使用带有Homebrew package manager 的OS X，并且通过homebrew-science tap 安装了R，您可以通过先安装gdal 来安装rgdal。

brew install gdal

在运行它之前，您可能首先要列出可用的选项，以防您需要类似 postgresql 支持的花哨。查看可用的选项类型

brew options gdal

然后你可以输入幻想

brew install --with-postgresql gdal

一段时间后，您应该可以使用依赖项了，因为 proj 包括您需要的 proj_api.h 都是依赖项！不幸的是，rgdal 现在仍然找不到 pro_api.h，因为它没有在 /usr/local/include 中查找。要在安装 rgdal 时解决此问题和其他可能的问题，请使用以下 R 命令安装 rgdal：

  > install.packages('rgdal', type = "source", configure.args=c('--with-proj-include=/usr/local/include','--with-proj-lib=/usr/local/lib'))

这应该类似于您对MacPorts 也需要的内容，但 brew 步骤除外，并且您的库/头文件很可能位于“/opt/local/lib”和“/opt/local/include”下"分别。

注意：如果您在 gdal 中使用“--with-armadillo”作为选项，并且将犰狳从 6 升级到 7，则需要 brew upgraders。您将拥有在升级/重新安装 rgdal 之前重新编译 gdal。

Answer 3

在使用 R-3.2.0 的 Fedora 21 系统上，以下方法有效：

yum install gdal.x86_64 gdal-devel.x86_64 gdal-libs.x86_64
yum install proj.x86_64 proj-devel.x86_64
yum install proj-epsg.x86_64 proj-nad.x86_64

显然这是反复尝试得到的结果：

install.packages("rgdal")

工作。您可能可以在一次安装中完成所有操作。

Answer 4

在 ubuntustudio 14.04 上（所有 debian 发行版都一样）：

sudo apt-get install libproj-dev libgdal-dev

然后我可以安装包 rgdal

R info:
R version 3.0.2 (2013-09-25) -- "Frisbee Sailing"

Linux info:
Linux francois-K53SV 3.13.0-34-lowlatency #60-Ubuntu SMP PREEMPT Wed Aug 13 16:15:18 UTC 2014 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

Answer 5

这是我在 Centos7 上所做的：

yum install gdal gdal-devel
yum install proj-devel
yum install proj-nad
yum install proj-epsg

那么简单

install.packages("rgdal")

工作正常，但根本不清楚。

Answer 6

在 OSX 中，我从 http://www.kyngchaos.com/software/frameworks 下载 proj，然后在 R 中运行以下命令。

install.packages('rgdal', type = "source", configure.args=c('--with-proj-include=/Library/Frameworks/PROJ.framework/Headers', '--with-proj-lib=/Library/Frameworks/PROJ.framework/unix/lib'))

Answer 7

这对我有用：

install.packages('rgdal',repos="http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin")

Answer 8

对于 ubuntu 16.04 和 R 3.5.1，这运行得非常快：

sudo add-apt-repository -y ppa:ubuntugis/ubuntugis-unstable
sudo apt update
sudo apt install gdal-bin python-gdal python3-gdal libgdal1-dev

那么;

sudo apt-get install libudunits2-dev libgdal-dev libgeos-dev libproj-dev

终于进入 CRAN；

install.packages("rgdal")

Answer 9

对我来说（Ubuntu 16.04，R 3.4.2），上述解决方案的混合工作：

sudo apt-get install libudunits2-dev libgdal-dev libgeos-dev libproj-dev

然后简单地从 CRAN 安装 rgdal。

Answer 10

在我的系统上唯一有效的方法是按照here 的描述从源代码编译 PROJ4，然后将 rgdal 包安装为

 install.packages("rgdal")

Answer 11

对于安装了多个版本的 proj（来自源）的多用户环境中的人，我使用的方法是：

install.packages('rgdal',configure.args="--with-proj-include=/sw/proj/4.9.2/include --with-proj-lib=/sw/proj/4.9.2/lib")

Answer 12

对于 Mac (OS.X Version10.12.6) 用户，这对我有用。 首先，转到命令行并使用 >> brew install gdal 安装 gdal 其次，到 Rstuduio(R console) 并使用 install.packages("rgdal") 安装包

Answer 13

要解决此问题，您需要 install libgdal-dev:

$sudo apt install libgdal-dev

Answer 14

以上答案都不适合我（在 Linux Mint 17.1 上运行 R 3.5.1）。 Ubuntu 存储库中的 GDAL 版本是 1.11.3，这会导致 rGDAL 安装失败。这是对我有用的解决方案（来自this 网站）：

sudo apt-get install libexpat1-dev

下载并安装GDAL

wget http://download.osgeo.org/gdal/2.1.1/gdal-2.1.1.tar.gz
tar xvf gdal-2.1.1.tar.gz
cd gdal-2.1.1
./configure
sudo make
sudo make install

验证版本

gdal-config --version

然后我得到了这个错误：

** testing if installed package can be loaded
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) :
unable to load shared object '/usr/local/lib/R/site-library/rgdal/libs/rgdal.so':
libgdal.so.20: cannot open shared object file: No such file or directory
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed

已通过更新绑定解决了这个问题：

sudo ldconfig

然后在 R 中运行 install.packages("rgdal") 工作正常。

Answer 15

无法正确安装 rgdal，我已经尝试了所有提到的和所有建议 R not finding package even after package installation

library(rgdal)
rgdal: version: 1.4-3, (SVN revision 828)
Geospatial Data Abstraction Library extensions to R successfully loaded
Loaded GDAL runtime: GDAL 2.2.3, released 2017/11/20
Path to GDAL shared files: C:/Users/xxx/Documents/R/win-library/3.4/rgdal/gdal
GDAL binary built with GEOS: TRUE 
Loaded PROJ.4 runtime: Rel. 4.9.3, 15 August 2016, [PJ_VERSION: 493]
Path to PROJ.4 shared files: C:/Users/xxx/Documents/R/win-library/3.4/rgdal/proj
Linking to sp version: 1.3-1 
Warning message:
package ‘rgdal’ was built under R version 3.4.4

我已将我的 R 升级到 3.6.1

再试一次：

batch_gdal_translate(x, desc, outsuffix = "4.img", of = "HFA", co="TILED=YES")
NULL
Warning messages:
1: In gdal_setInstallation() :
No GDAL installation found. Please install 'gdal' before continuing:
    - www.gdal.org (no HDF4 support!)
    - www.trac.osgeo.org/osgeo4w/ (with HDF4 support RECOMMENDED)
    - www.fwtools.maptools.org (with HDF4 support)

2: In gdal_setInstallation() : If you think GDAL is installed, please run:
gdal_setInstallation(ignore.full_scan=FALSE)

我尝试从 Rstudio 和命令行 R 3.6.1 GUI 运行它。

每次我都尝试过这个，我得到了正在安装的库的积极结果。

library(raster)
Loading required package: sp
library(rgdal)
rgdal: version: 1.4-4, (SVN revision 833)
Geospatial Data Abstraction Library extensions to R successfully loaded
Loaded GDAL runtime: GDAL 2.2.3, released 2017/11/20
Path to GDAL shared files: C:/Users/xxx/Documents/R/R-3.6.1/library/rgdal/gdal
GDAL binary built with GEOS: TRUE 
Loaded PROJ.4 runtime: Rel. 4.9.3, 15 August 2016, [PJ_VERSION: 493]
Path to PROJ.4 shared files: C:/Users/xxx/Documents/R/R-3.6.1/library/rgdal/proj
Linking to sp version: 1.3-1 
library(gdalUtils)
Registered S3 method overwritten by 'R.oo':
method        from       
throw.default R.methodsS3

我要读取的文件是 dted 文件？

x <- list.files(path = src, pattern = ".dt", full.names = TRUE)
length(x)

batch_gdal_translate(x, desc, outsuffix = "4.img", of = "HFA", co="TILED=YES")

我也尝试过使用 GTIFF .tif 格式进行上述操作，但我得到了同样的错误。 但我不想读取 .hdf 文件，只是 .dt0、.dt1、.dt2

这将在我安装了 R 的另一台机器上工作，但是，我试图找出我在“这台”机器上的安装有什么问题。

Answer 16

在 CFLAGS 中显式添加包含路径对我有用

install.packages('rgdal', type = "source", configure.args=c('CFLAGS=-I/apps/proj4/5.2.0/include'))

Answer 17

如果您使用MacPorts，这应该可以：

1. 安装gdal（proj6 将作为依赖安装）

   sudo port install gdal
   

2. 安装pkg-config

   sudo port install pkgconfig
   

3. 将PKG_CONIFG_PATH 变量设置为指向带有proj.pc 文件的目录。就我而言，这是：

   export PKG_CONFIG_PATH=/opt/local/lib/proj6/lib/pkgconfig