如何从字符串向量创建网络答案

【问题标题】：How to crate a network from a string vector如何从字符串向量创建网络
【发布时间】：2021-03-29 18:38:40
【问题描述】：

我正在尝试创建一个igraph 对象，将字符串向量拆分为特殊字符（“&”）。我使用 for 循环创建一个向量并将其转换为网络图。该代码有效，但在非常长的向量（大型网络）上效率极低。

有没有办法通过管道和映射来改进流程？提前致谢

require(graph)
data <- data.frame(nodes=c("A","A & B","C","B & C","B & D"))

V <- c()
for (i in 1:nrow(data)){
  V_temp <- data[i,]
  ifelse(grepl(" & ", data$nodes[i]),
         N <- t(combn(unlist(strsplit(data$nodes[i], " & ")),2)),
         N <- matrix(rep(data$nodes[i],2), nrow = 1, ncol = 2))
  colnames(N) <- c("N1","N2")
  V_temp <- cbind(N, V_temp, row.names = NULL)
  V <- as.data.frame(rbind(V, V_temp, row.names = NULL))
}

vector <- rbind(as.vector(as.character(V$N1)),
                as.vector(as.character(V$N2)))
plot(graph(vector, directed = FALSE))

【问题讨论】：

标签： r for-loop networking dplyr igraph

【解决方案1】：

如果你愿意使用dplyr：

library(dplyr)
d <- data %>%
      separate(nodes, c("from", "to") ) %>%
      mutate(to = coalesce(to,from))

  from to
1    A  A
2    A  B
3    C  C
4    B  C
5    B  D

Warning message:
Expected 2 pieces. Missing pieces filled with `NA` in 2 rows [1, 3]. 

g <- graph_from_data_frame(d)

separate 返回一个警告，告诉你有时没有什么可拆分的。在第二步中，您在“to”列中使用“from”列中的值填写 NA。

如果需要separate(nodes, c("from", "to"), " & " )，也可以指定拆分。

Split data frame string column into multiple columns

How to split column into two in R using separate

【讨论】：

【解决方案2】：

从 desval 的两个建议开始，我想出了这个。这适用于在一个或两个节点上单独操作，但数量较多时失败。例如data <- data.frame(nodes=c("E","A & B","C","B & C","B & D & E"))

下面更新代码

library(igraph)
library(dplyr)

selfloop <- function(x){
  y <- ifelse(!grepl(" & ",x), paste(x,x, sep = " & "), x)
  return(y)
}

data <- data.frame(nodes=c("E","A & B","C","B & C","B & D"))


g <- data %>%
  mutate(nodes = selfloop(nodes)) %>%
  separate(nodes, c("from", "to"), sep = " & ") %>%
  graph_from_data_frame(directed = FALSE)

plot(g)

【讨论】：

你需要一个向量吗？将带有 from 和 to 列的数据框传递给 igraph 要容易得多。这使您可以保持代码干净且易于阅读。而且，我猜它会更快。