使用 ggraph/ggplot2 在网络图中定位节点和边答案

【问题标题】：Positioning nodes and edges in network graph using ggraph/ggplot2使用 ggraph/ggplot2 在网络图中定位节点和边
【发布时间】：2018-07-11 00:28:03
【问题描述】：

我正在尝试使用 ggraph 绘制一个网络，我想在图形周围添加一个圆圈，边缘和节点位于圆圈内的中心。

用下面的代码画圆就可以了（改编自Draw a circle with ggplot2）

gg_circle <- function(r, xc, yc, color = "black", fill = NA, lty = NA, size = NA, ...) {
  x <- xc + r*cos(seq(0, pi, length.out = 100))
  ymax <- yc + r*sin(seq(0, pi, length.out = 100))
  ymin <- yc + r*sin(seq(0, -pi, length.out = 100))
  annotate("ribbon", x = x, ymin = ymin, ymax = ymax, 
           color = color, fill = fill, lty = lty, size = size, ...)
}

但我无法将网络层的位置与圆的位置相匹配，这导致节点和边都部分位于圆外：

这是代码的关键部分，就像现在一样（使用来自ggraph 的highschool 作为示例数据集以实现可重复性目的）：

library(ggraph)
library(igraph)
graph <- graph_from_data_frame(highschool)

ggraph(graph, layout = "fr") +
  geom_edge_link() +
  geom_node_point() +
  geom_node_text(aes(label = name), 
                 check_overlap = TRUE, repel = TRUE, 
                 nudge_x = 0.1, nudge_y = 0.1) +
  gg_circle(r = 11, xc = 0, yc = 0, lty = 1, size = 0.2) +
  theme(axis.ticks.length = unit(0, "cm"),
        legend.position = "none",
        plot.margin = unit(c(0, 0, 0, 0), "cm"),  
        panel.spacing = unit(c(0, 0, 0, 0), "cm")) +
  coord_fixed()

关于如何解决此问题的任何想法或建议？提前致谢！

【问题讨论】：

标签： r networking ggplot2 igraph ggraph

【解决方案1】：

我会尝试使用节点位置来为r、xc 和yc 找到可接受的值。

第 1 步。创建情节（不带圆圈）：

set.seed(9) # for reproducibility

p <- ggraph(graph, layout = "fr") +
  geom_edge_link() +
  geom_node_point() +
  geom_node_text(aes(label = name),
                 check_overlap = TRUE,
                 repel = TRUE,
                 nudge_x = 0.1,
                 nudge_y = 0.1) +
  theme(axis.ticks.length = unit(0, "cm"),
        legend.position = "none",
        plot.margin = unit(c(0, 0, 0, 0), "cm"),  
        panel.spacing = unit(c(0, 0, 0, 0), "cm")) +
  coord_fixed()

第 2 步。从绘图的geom_node_point() 层（本例中为第二层）获取数据。修改gg_circle code 以将此数据框作为输入，并计算适当的圆心坐标/半径：

p.positions <- layer_data(p, i = 2L)

gg_circle_from_position <- function(data, 
                                    color = "black", fill = NA, 
                                    lty = NA, size = NA, ...){

  coord.x <- data[, 'x']
  coord.y <- data[, 'y']

  xc = mean(range(coord.x))
  yc = mean(range(coord.y))
  r = max(sqrt((coord.x - xc)^2 + (coord.y - yc)^2)) * 1.05
  # expand radius by 5% so that no node sits exactly on the line;
  # increase from 1.05 to some larger number if more buffer is desired.

  # no change to this part
  x <- xc + r*cos(seq(0, pi, length.out = 100))
  ymax <- yc + r*sin(seq(0, pi, length.out = 100))
  ymin <- yc + r*sin(seq(0, -pi, length.out = 100))
  annotate("ribbon", x = x, ymin = ymin, ymax = ymax, 
           color = color, fill = fill, lty = lty, size = size, ...)

}

第 3 步。在绘图中添加圆圈：

p + gg_circle_from_position(data = p.positions, lty = 1, size = 0.2)

【讨论】：