在 R 中为网络设置动画

Question

有谁知道随着网络的发展（即建立新的连接）可视化网络（来自igraph）的方法？我看过https://www.r-graph-gallery.com/network/ 并在网上搜索过，但什么也没看到。

例如，如果网络是：

library("tidyverse")
library("igraph")

net.bg <- sample_pa(20) 
V(net.bg)$size <- 8
V(net.bg)$label <- "" 
E(net.bg)$arrow.mode <- 0

net.bg.df <- igraph::as_data_frame(net.bg) 

net.bg.df <- net.bg.df %>%
  mutate(time_frame = 1:n())

l <- layout_randomly(net.bg)

plot(net.bg, layout=l)

有没有办法通过字段time_frame 转换动画，类似于普通的情节动画，例如：

library(ggplot2)
library(gganimate)
library(gapminder)
theme_set(theme_bw())

p <- ggplot(
  gapminder, 
  aes(x = gdpPercap, y=lifeExp, size = pop, colour = country)
) +
  geom_point(show.legend = FALSE, alpha = 0.7) +
  scale_color_viridis_d() +
  scale_size(range = c(2, 12)) +
  scale_x_log10() +
  labs(x = "GDP per capita", y = "Life expectancy")

p + transition_time(year) +
  labs(title = "Year: {frame_time}")

Answer 1

您可以使用ggraphpackage，它也可以与gganimate一起使用并很好地处理igraph对象。

为此，我们需要指定边缘应该处于活动状态的时间点。通过创建一个开始时间和结束点的列表（这是原始数据集中的行数），这不是很优雅地完成。

library(tidyr)
library(ggraph)
library(gganimate)
df0 <- net.bg.df
df0$time_frame <- as.numeric(df0$time_frame)
for(i in 1:nrow(df0)){
  df0$time_frame[i] <- list(df0$time_frame[i][[1]]:19)
}
df <- unnest(df0, time_frame)
g2 <- graph_from_data_frame(df)

l <- as.data.frame(l)  # ggraph only accepts data.frame
colnames(l) <- c("x", "y") # ggraph needs these column names
ggraph(g2, layout = "manual", node.position = l) +
  geom_node_point(color = "blue", size =3) +
  geom_edge_link0(show.legend = F, width = 1) +
  theme_classic() +
  theme(axis.text.x = element_blank(),
        axis.text.y = element_blank(),
        axis.ticks.x = element_blank(),
        axis.ticks.y = element_blank()) +
  transition_states(time_frame) +
  ggtitle(paste0("time point: ", "{closest_state}"))

剩下的就是绘制网络并使用transition_states- 函数。这里是additionalsources。