我正在尝试使用树状数据构建图形，其中节点通常分成 >2 条边。我尝试了各种布局，我看到 layout.reingold.tilford 参数将生成具有非分叉数据的树状图。然而，输出并不是特别有吸引力。我宁愿使用 layout.lgl 或 layout.kamada.kawai 之类的东西，因为它们会产生更多的放射状结构。我看不到如何更改 R 中的参数，以使这些树没有重叠的边缘。这可能吗？
我导入了一个 Pajek 格式的简单数据文件，有 355 个节点和 354 个边。我目前正在使用：
plot.igraph(g,vertex.size=3,vertex.label=NA,layout=layout.lgl)
这给了我这样的输出，这很好，但仍然有重叠的边缘。我已经读到您可以使用 tkplot 或其他程序（如 cytoscape）手动修复此问题，但是我有很多这些要构建，而且它们的大小使手动更正变得很麻烦。
非常感谢。
【问题讨论】：
只想添加评论，但我的代表太低了。 @bdemarest 发布的方法不适用于 igraph 版本 > 0.7。较新的版本不支持area参数，所以无法得到同样的效果。构建旧版本花了我一段时间，所以我想分享一些见解。如果您从igraph nightly builds 下载它，您可以从源代码手动安装igraph 0.7。在我的机器（Mac OS 10.10）上，由于gfortran，我在构建它时遇到了一些问题，所以我发现this link 解决了这个问题。希望对任何想在 R 中创建类似图表的人有所帮助。
【讨论】：
您可能想试试layout.fruchterman.reingold()。防止边缘交叉似乎做得很好。我已经使用@Tamás 建议的 355 节点版本的 barabasi 图对其进行了测试。
library(igraph)
g = barabasi.game(355, directed=FALSE)
png("plot1.png", height=6, width=12, units="in", res=200)
par(mfrow=c(1, 2))
plot.igraph(g,vertex.size=3,vertex.label=NA,
layout=layout.fruchterman.reingold(g, niter=10000))
mtext("layout.fruchterman.reingold, area = vcount^2", side=1)
plot.igraph(g,vertex.size=3,vertex.label=NA,
layout=layout.fruchterman.reingold(g, niter=10000, area=30*vcount(g)^2))
mtext("layout.fruchterman.reingold, area = 30 * vcount^2", side=1)
dev.off()
【讨论】：
?layout_with_frcoolexp,maxdelta,area,repulserad 这些参数在 igraph 版本 0.8.0 中不受支持并且被忽略（带有警告）。
layout.reingold.tilford 有一个名为circular 的参数。将此设置为TRUE 会将最终布局转换为径向布局，方法是将 X 坐标视为角度（经过适当的重新缩放后），将 Y 坐标视为半径。具有讽刺意味的是，这并不能保证最终不会有边缘交叉，但如果您的子树与图的其余部分相比不是非常宽，它就会很好地工作：
> g <- barabasi.game(100, directed=F)
> layout <- layout.reingold.tilford(g, circular=T)
> plot(g, layout=layout)
【讨论】：