如何使用 igraph 或 tnet 在 R 中创建二分网络

Question

我有一个双模网络的边缘列表，类似于：

person  Event
Amy     football_game
Sam     picnic
Bob     art_show

我想在 R 中对此进行分析，但似乎我尝试的一切都失败了。将其转换为单模式网络会遇到内存限制，我无法弄清楚如何在 igraph 或 tnet 中将其分析为二分。

在 igraph 中，bipartite.projection 给了我所有 FALSE，在使用

创建的 igraph 对象上

net <- graph.edgelist(myobject)

在 tnet 上，我无法将 igraph 网络转换为 tnet 网络，当我尝试使用原始数据帧时，由于图中重复而拒绝。

因此，我们将非常感谢您对以下任何问题的回答：

1. 如何使用bipartite.mapping 函数？
2. 如何将 igraph 对象输入到 tnet？
3. 如果一切都失败了，我该如何将具有重复边的数据框输入到 tnet 中？

很抱歉，如果这些是基本问题，但文档很少。

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例子：

edgelist <- read.table(text="Person    Event
                             Amy       football
                             Bob       picnic
                             Sam       artshow", 
                       header=TRUE)
edgelist <- as.matrix(edgelist)

## Igraph Issues
igraph <- graph.edgelist(edgelist)
typevector <- bipartite.projection(igraph) 
# gets all FALSE

edgelist2 <- get.edgelist(igraph)
typevector <- bipartite.projection(edgelist2) 
# same thing

## tnet issues
tnet <- as.tnet(edgelist) 
# gives error: "There are duplicate events in the edgelist"
tnet <- as.tnet(edgelist2)
clusterMat <- clustering_local_tm(tnet)  
# gives error: "max not meaningful for factors"

onemode <- projecting_tm(tnet, method="Newman") 
# gives error: "arguments must have same length"

Answer 1

在 igraph 中，二分网络是具有type 顶点属性的网络。此属性必须是逻辑的，并且对于其中一种节点类型必须是 TRUE，对于其他节点类型必须是 FALSE。因此，要从边缘列表创建二分网络，您只需创建一个常规图，然后添加 type 顶点属性：

edgelist <- read.table(text="Person    Event
                         Amy       football
                         Bob       picnic
                         Sam       artshow", 
                   header=TRUE)
igraph <- graph.data.frame(edgelist)

V(igraph)$type <- V(igraph)$name %in% edgelist[,1]
igraph
# IGRAPH DN-B 6 3 -- 
# + attr: name (v/c), type (v/x)

“B”字母告诉您这是一个二分图。您可以通过以下方式创建此网络的单部分投影：

bipartite.projection(igraph)
# $proj1
# IGRAPH UN-B 3 0 -- 
# + attr: name (v/c), type (v/x)
#
# $proj2
# IGRAPH UN-B 3 0 -- 
# + attr: name (v/c), type (v/x)

这将返回两个图表的列表。如果您认为投影可能太大，您可以先调用bipartite.projection.size 函数，这将为您提供两个投影中的顶点和边的数量。 igraph 图的内存需求为 (4m+2n)*8+O(1) 字节，其中“n”是顶点数，“m”是边数。