我将如何扩展变量数据框以表示 R 中的交互网络？答案

【问题标题】：How would I expand a dataframe of variables to represent a network of interactions in R?我将如何扩展变量数据框以表示 R 中的交互网络？
【发布时间】：2021-09-19 18:22:58
【问题描述】：

我有一个家庭变量的“阳性”病例表。我想最终使用 R 在 iGraph 中输出一个网络图。我想将每个家庭表示为一个网络，因此代表每个家庭中积极和消极的人。我的输入数据框如下：

ID	Result	Household	Number in household
A	Positive	H1	2
B	Positive	H1	2
C	Positive	H2	3
D	Positive	H3	2

我的第一个要求是将列表扩展到家庭中的变量数量，结果是：

ID	Result	Household	Number in household
A	Positive	H1	2
B	Positive	H1	2
C	Positive	H2	3
C1	Negative	H2	2
D	Positive	H3	3
D1	Negative	H3	3
D2	Negative	H3	3

从这一点开始，我需要一个代表网络边缘列表的数据框，即如果一个人与他们的家庭代表的另一个人进行交互（双向）。这看起来像：

ID	Interaction	Household
A	B	H1
B	A	H1
C	C1	H2
C1	C	H2
D	D1	H3
D	D2	H3
D1	D	H3
D1	D2	H3
D2	D	H3
D2	D1	H3

然后，此边缘列表将与正面和负面结果的“属性”列表一起输入，然后可用于构建网络。我只是在努力以正确的格式获取数据以开始！

我在 R 和堆栈溢出方面有点新手 - 我希望以上内容有意义并且很高兴澄清！

【问题讨论】：

更新：结合使用 Excel（抱歉！）和 R 中的 rep 函数，我已经设法到达第二个数据帧，但我很难到达第三个数据帧。我已经探索过在 tidyverse 中使用 expand 函数，但收效甚微！
我认为您不需要igraph 来解决这个问题。
对不起 - 这纯粹是为了生成图形的输入文件。我正在使用 igraph 对网络进行一些很好的可视化

标签： r igraph network-analysis

【解决方案1】：

我认为您不需要igraph 来实现您的目标。下面是data.table 选项

> setDT(df)[, CJ(ID, Interaction = ID), Household][ID != Interaction, c(2, 3, 1)]       
    ID Interaction Household
 1:  A           B        H1
 2:  B           A        H1
 3:  C          C1        H2
 4: C1           C        H2
 5:  D          D1        H3
 6:  D          D2        H3
 7: D1           D        H3
 8: D1          D2        H3
 9: D2           D        H3
10: D2          D1        H3

【讨论】：