如何提取负责R中igraph对象直径的边序列？答案

【问题标题】：How to extract the sequence of the edges responsible for the diameter in a igraph object in R?如何提取负责R中igraph对象直径的边序列？
【发布时间】：2018-09-15 23:43:57
【问题描述】：

假设有一个igraph 对象：

library(igraph)
library(igraphdata)
data(karate)


get_diameter(karate)
+ 6/34 vertices, named, from 4b458a1:
[1] Actor 16 John A   Actor 20 Mr Hi    Actor 6  Actor 17
farthest_vertices(karate)
$vertices
+ 2/34 vertices, named, from 4b458a1:
[1] Actor 16 Actor 17

$distance
[1] 13

我很容易找到彼此相距最远的顶点。如何提取连接顶点 Actor 16 到 Actor 17 的边序列？

【问题讨论】：

?get.all.shortest.paths 也许？

标签： r igraph social-networking

【解决方案1】：

实际上get_diameter 确实为您提供了两个节点之间的边序列：

[1] Actor 16 John A   Actor 20 Mr Hi    Actor 6  Actor 17

在函数文档中：

get_diameter 返回具有实际直径的路径。如果直径长度的最短路径有很多条，则返回找到的第一个。

【讨论】：

这是一个顶点列表，而不是边列表。两个顶点之间可以有多个边。此外，一些函数需要一个实际的边列表，而不仅仅是边连接的顶点
好吧，我的错，所以你是对的，shortest_path 就是答案！

【解决方案2】：

所以diameter 是图中最长的shortest_path。幸运的是，shortest_paths 函数可以为您提供节点向量 (vpath) 和边向量 (epath)。输出是一个列表，如果要获取边向量，则需要设置参数output = 'both或output='epath'

shortest_paths(karate, 'Actor 16', 'Actor 17', output = 'both')$epath[[1]]

或者，如果你想动态地解决这个问题：

farthest_vertices(karate)$vertices %>% 
  {shortest_paths(karate, .[1], .[2], output = 'both')} %>%
  .$epath %>%
  .[[1]]

【讨论】：