R中带有条件和加权数据的组合矩阵

Question

假设我有 5 种疾病（a、b、c、d、e）。询问样本中的每个人是否患有每种疾病，然后分配权重（W）。我需要确定每种疾病组合在人群中的比例。这将涉及人们对任一疾病组合回答 (1,1) 的组合。

df <- data.frame(
  a = c(1, 1, 0, 0),
  b = c(1, 1, 0, NA),
  c = c(0, 1, NA, 1),
  d = c(1, 1, 0, 1  ),
  e = c(1, 1, 1, 0  ),
  W = c(1.5,3.5,2.5,2.3))

df
  a  b  c d e   W
1 1  1  0 1 1 1.5
2 1  1  1 1 1 3.5
3 0  0 NA 0 1 2.5
4 0 NA  1 1 0 2.3

我已经能够弄清楚这个得到一个矩阵：

DisDyads <- apply (df, 2, function (x) colSums (df == 1 & x == df, na.rm = TRUE))

  a b c d e W
a 2 2 1 2 2 0
b 2 2 1 2 2 0
c 1 1 2 2 1 0
d 2 2 2 3 2 0
e 2 2 1 2 3 0
W 0 0 0 0 0 0

我如何将这些变成比例？

这是矩阵输出的第一行和第二行在适当的条件和比例下的外观示例：

   a    b    c     d    e    W
a  0.5  0.5  0.25  0.5  0.5  0
b  0.5  0.5  0.25  0.5  0.5  0

接下来，我还需要在确定总体水平上每种组合的比例时考虑权重。

有人可以帮我解决这个问题吗？如果我试图寻找三种疾病组合的比例怎么办？例子。具有a,b,c和a,b,d等的人的比例..

我非常感谢任何帮助。提前致谢！

Answer 1

哦，我想我现在明白了。您想基本上制作一个交叉表查找表。这并不容易展示。它会很大，因为您需要显示所有组合，并且有很多重复。

就使它们成比例而言，您只需将整个数据框（col W 除外）除以 nrow，然后将行乘以比例权重 (W/sum(W))：

df[,1:5] <- df[,1:5]/nrow(df)

要增加你的权重，需要一些操作。

df <- as.matrix(df)
df <- as.data.frame(t(t(df[,1:5]*(df[,6] / sum(df[,6]))))) # this subsets your data, and multiplies each cell in cols 1:5 by the proportional weights.


       a          b          c          d          e
1 0.03826531 0.03826531 0.00000000 0.03826531 0.03826531
2 0.08928571 0.08928571 0.08928571 0.08928571 0.08928571
3 0.00000000 0.00000000         NA 0.00000000 0.06377551
4 0.00000000         NA 0.05867347 0.05867347 0.00000000

我认为你可以得到你的加权值，然后从那里开始。组合不应该只是相加吗？