排除 R 中具有特定模式的所有行答案

【问题标题】：Exclude all rows with JUST specific patterns in R排除 R 中具有特定模式的所有行
【发布时间】：2015-06-29 04:21:04
【问题描述】：

我想排除 df 中只有特定模式（AA、AB、BB）中的所有行。我的真实数据有超过 20k 行和超过 2k 列！遵循一个有代表性的输入示例：

df <- "chr   position sample21s  sample23s sample22s
    chr2    150      AB           BB       AA       
    chr4    250      A            AA       BB
    chr5    350      AB           B        BB   
    chr7    550      AA           AA       AA
    chr8    650      BB           BB       AB"
df <- read.table(text=df, header=T)

预期输出：

chr   position sample21s  sample23s sample22s
chr4    250      A            AA       BB
chr5    350      AB           B        BB

有什么想法吗？

【问题讨论】：

您能否提供一个可重现的示例：stackoverflow.com/questions/5963269/…
抱歉 -- 您想排除 AA、AB 和BB？在显示的预期输出中，这些行仍然存在。
我想以任何组合或比例排除仅具有 AA、AB 或 BB 的行。如果该行至少有另一种字符串，我需要将该行保留在输出df。

标签： r conditional bioconductor

【解决方案1】：

这是另一种选择...

> ind <- apply(df[, grepl("^sample", names(df))], 1,
              function(x) sum(x %in% c("AA", "AB", "BB"))!=3)

> df[ind, ]
   chr position sample21s sample23s sample22s
2 chr4      250         A        AA        BB
3 chr5      350        AB         B        BB

【讨论】：