如何在 pROC 中为 multiclass.roc 绘图添加标题？答案

【问题标题】：How can I add a title to multiclass.roc plots in pROC?如何在 pROC 中为 multiclass.roc 绘图添加标题？
【发布时间】：2020-07-05 10:10:08
【问题描述】：

我有一个由nnet:multinom 构建的多项模型，包含 5 个类别，包含 26 个变量：

mirna_multinom_0 = multinom(formula_0, data= clase_training, maxit=10000 )

然后我创建我的 ROCS：

multiclass.roc(clase_training$clase, mirna_multinom_0$fitted.values,plot=TRUE)

我绘制的。

pred_test_inter_multinom_5 = predict(interaction_multinom_model_5, newdata = clase_test, "probs")
multiclass.roc(clase_test$clase, pred_test_inter_multinom_5,plot=TRUE)

为了理解它们，我将其存储为对象 e 并将对比称为 names(e$roc) 以查看我的对比。

e = multiclass.roc(clase_training$clase, mirna_multinom_0$fitted.values)
names(e$rocs)

 [1] "Control/Idiop_grave"      "Control/Idiop_leve"       "Control/Isquem_grave"    
 [4] "Control/Isquem_leve"      "Idiop_grave/Idiop_leve"   "Idiop_grave/Isquem_grave"
 [7] "Idiop_grave/Isquem_leve"  "Idiop_leve/Isquem_grave"  "Idiop_leve/Isquem_leve"  
[10] "Isquem_grave/Isquem_leve"

这给了我 2 个图，其中一个在 > 方向，另一个在

现在。 我可以以某种方式在图中绘制每个对比的标题吗？

另外，有没有一种方法可以获得 ROC 对比度的每个曲线 AUC 下的面积？我只在多项式的消息中获得它。没有 PROC 图。 我能否获得多项式 ROC，或者它只是一个没有图形表示的构造？

【问题讨论】：

Re“我能以某种方式在图中绘制每个对比的标题吗？”：你能展示你到目前为止所做的事情吗（即你说“我绘制了哪个”但不显示我们）？
当然，对不起@Calimo。要去编辑它。完成了。
我的意思是，你能告诉我们你用来制作情节的代码吗？
我的错，我以为我做到了。已编辑。它是来自 nnet:multinom 的多项模型，这就是为什么我获得其中的 20 个，5 个级别，每个级别 2 个对比度。 @Calimo
我不知道 multiclass.roc 接受了 plot = TRUE。显然不是很有用。请参阅github.com/xrobin/pROC/issues/56 了解未来的改进。

标签： r roc multinomial nnet proc-r-package

【解决方案1】：

我能以某种方式在图中绘制每个对比的标题吗？

您需要自己循环遍历曲线，但可以轻松完成，如下所示：

for (contrast in names(e$rocs)) {
    plot(e$rocs[[contrast]][[1]], col = "green", main = contrast)
    plot(e$rocs[[contrast]][[2]], col = "blue", add = TRUE)
}

有没有一种方法可以获得每个 ROC 对比度的曲线 AUC 下的面积？

你可以用auc函数做类似的事情：

for (contrast in names(e$rocs)) {
    print(contrast)
    print(auc(e$rocs[[contrast]][[1]]))
    print(auc(e$rocs[[contrast]][[2]]))
}

我能否获得多项式 ROC，或者它只是一个没有图形表示的构造？

这是 Hand & Till 在doi:10.1023/A:1010920819831 中描述的一种 AUC 平均值。没有对应的曲线可以表示。

【讨论】：