如何获取 ctree 创建的生存对象？答案

【问题标题】：How to get the survival objects being created by the ctree?如何获取 ctree 创建的生存对象？
【发布时间】：2011-06-10 03:00:30
【问题描述】：

我想获取由 ctree 函数创建的生存对象。原因是我想得到描述树每片叶子曲线的向量。

有人知道怎么做吗？

提前致谢！胡同

【问题讨论】：

ctree 不是基本 R 函数。你指的是什么包？一些示例代码也将帮助您获得答案。
@Prasad，它在包party 中。加载包后见?ctree，得到一个简单的生存树示例。

标签： r classification

【解决方案1】：

您可以使用treeresponse 方法获得曲线。可能有更好的方法，但这是我想出的。

以下是使用?ctree:

的生存树示例的图示

require(party)
data("GBSG2", package = "ipred")
GBSG2ct <- ctree(Surv(time, cens) ~ .,data = GBSG2)
plot(GBSG2ct)

我们使用treeresponse进行训练数据来抓住（安装）的响应。这是一个列表，其中包含训练数据中每个观察值的组成部分。

out <- treeresponse(GBSG2ct)

每个组件out @ 987654327是一个生存对象，"survfit"

> class(out[[1]])
[1] "survfit"

对于此树，我们有四个终端节点，因此只有四个独特的生存对象。您可以使用where 方法查看观测值位于哪些节点

wnode <- where(GBSG2ct)

我们可以使用此索引是独特的生存对象。例如，对于节点 3（树图中最左边的节点）

> n3 <- which(wnode == 3 & !duplicated(wnode))
> n3
[1] 1
> out[[n3]]
> out[[n3]]
records   n.max n.start  events  median 0.95LCL 0.95UCL 
    686     248     248      88    2093    1814      NA

可以使用plot方法绘制节点3的生存曲线：

plot(out[[n3]], conf.int = FALSE, mark.time = FALSE)

除了轴上的范围之外，除了绘制的树上的节点3面板中使用的图。

对于此示例，您可以对节点 4、6 和 7 重复，但您需要根据数据和拟合树来定制使用哪些节点。

【讨论】：

谢谢你非常帕萨德！我会试试看。您知道如何使用生存对象的参数“surv”吗？我想获得生成曲线的概率向量。再次感谢 - 胡同
@Alley 你需要查看生存包的帮助并阅读?survfit.object
谢谢gavin，我会调查它。您非常乐于助人，很抱歉上次没有认出是您。
好的，使用 : out[[1]]$surv 确实有效！ :) 顺便说一句，你为什么写：out[[1]] 而不是 out[1]？这是什么意思？再次感谢
你去学点R怎么样？ [ @当应用于这样的列表时，out[1]返回一个单个组件的列表，所选的列表。 [[ 将返回在该列表中的对象。