从标记图像中提取 yxz 像素坐标答案

【问题标题】：Extract yxz pixels coordinates from a labelled image从标记图像中提取 yxz 像素坐标
【发布时间】：2021-05-19 20:10:03
【问题描述】：

我对图像分析比较陌生，我需要提取图像中构成多个对象的像素的 xy 和 z 坐标。图像实际上是一个堆栈，其中所有感兴趣的对象都已被分割并通过标签（整数）进行区分。

我有一些问题要找到一种智能且不太昂贵的方法来提取一个对象的所有坐标并将它们保存在 x、y 和 z 的三个不同列表中以计算进一步的计算（理想情况下，我计划为每个对象拟合一个椭圆体）......并为每个对象迭代整个事物。这是我的堆栈的一部分的示例。

我主要研究 numpy 和 skimage 以及一些 scipy（find_object() 函数），但老实说我很迷茫。你知道我如何使用 python 库以有效的方式做到这一点吗？谢谢！

卢克雷

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【问题讨论】：

标签： python numpy scipy numpy-ndarray scikit-image

【解决方案1】：

您可以使用skimage.measure.regionprops。尽管文档说.coords 是 2D，但它实际上适用于 3D 数据。所以你会做这样的事情：

props_list = regionprops(segmentation)

for props in props_list:
    print(f'the label is {props.label}')
    print(f'the coordinates are {props.coords}')

【讨论】：