GNU Parallel - 多个参数答案

【问题标题】：GNU Parallel - Multiple argumentsGNU Parallel - 多个参数
【发布时间】：2016-10-18 02:48:19
【问题描述】：

使用 GNU parallel，我正在尝试运行一个子采样脚本，该脚本输入两个文件并输出一个特定的子采样文件。我正在使用这个命令：

parallel -j+0 --eta python sub_sample_.2.py ::: file1 file2 ::: file3 file4 ::: file5 file6

但是命令行上没有ETA，即：

Computer:jobs running/jobs completed/%of started jobs/Average seconds to complete
ETA: 0s Left 8 AVG:0.00s local:8/0/1005/0.0

也只处理前四个文件，而不处理后两个：file5和file6。

【问题讨论】：

【解决方案1】：

parallel -j+0 --eta python sub_sample_.2.py ::: file1 file2 ::: file3 file4 ::: file5 file6

2*2*2 = 总共 8 个工作。

Computer:jobs running/jobs completed/%of started jobs/Average seconds to complete
ETA: 0s Left 8 AVG:0.00s local:8/0/1005/0.0

ETA 是根据已完成作业的运行时间计算得出的。这里还没有工作完成，所以没有 ETA。您还可以看到所有 8 个作业都在您的本地系统上运行，因此您可能有 8 个或更多内核。

也只处理前四个文件，而不处理后两个：file5和file6。

这样写我怀疑你可能不知道 multiple ::: 做什么。运行 --dryrun 看看这是否是你所期望的。

我的猜测是你真正想要运行的是（需要版本 20160422 或更高版本）：

parallel --eta python sub_sample_.2.py ::: file1 file3 file5 :::+ file2 file4 file6

或者：

parallel --xapply --eta python sub_sample_.2.py ::: file1 file3 file5 ::: file2 file4 file6

【讨论】：

谢谢。我不知道必须完成工作才能提供 ETA。需要说明的是，使用 :::+ 与使用 --xapply 相同吗？
@Labrat :::+ 是一种更高级的 --xapply，但在这种情况下它们的作用相同。
如果我使用的命令带有输出和输入参数，例如： samtools sort -n 我将如何并行处理？
并行 samtools sort -n {}.out {} ::: input*files
最后一件事。尝试运行时：parallel --eta htseq-count -m intersection-nonempty -i Name -s reverse -f bam {} >{}_htseq_Counts.txt 2>{}_OUTPUT_WARNINGS_.txt ::: *.bam它正在将 eta 写入“{}_OUTPUT_WARNINGS_.txt”，并将所有计数写入“{}_htseq_Counts.txt”，而不是单独的文件。有什么帮助吗？