【问题标题】:Loading an HDF dataset into python, but it's recognized as empty将 HDF 数据集加载到 python 中,但它被识别为空
【发布时间】:2017-12-19 18:31:02
【问题描述】:

我正在尝试将一个 400x300x60x28 的大型数据集从 Matlab(.mat 文件)作为 HDF 文件加载到 Python 中,但每次我尝试查看文件中的内容时,它都说它是空的。

到目前为止我尝试过的一些事情:

输入:

    f=h5py.File(r'D:\Natalie\Research\Vascular Hand\output.mat','r')
    print(f)

输出:

    <HDF5 file "output.mat" (mode r+)>

输入:

    store=pd.HDFStore(r'D:\Natalie\Research\Vascular Hand\output.mat')
    print(store)

输出:

    <class 'pandas.io.pytables.HDFStore'>
    File path: D:\Natalie\Research\Vascular Hand\output.mat
    Empty

输入:

    f = pd.read_hdf(r'D:\Natalie\Research\Vascular Hand\output.mat')

输出:

    ValueError: No dataset in HDF5 file.

这是说没有数据集,但我刚刚在 Matlab 中打开了同一个文件,它有超过 500,000 个元素。只是为了给出一些上下文,它是 Matlab 中的 4-D 单变量类型,它是通过 MRI 扫描跟踪的血液循环的到达时间数据。

【问题讨论】:

  • mat文件是否保存为7.3版本?用h5write保存可以吗?
  • 是的,它是 7.3 版。我像你说的那样尝试了 h5write 将其保存为 .h5 文件,但是当我尝试将数据集读入 Python 时,它仍然将数据集识别为空。

标签: python matlab pandas hdf


【解决方案1】:

要读取.mat 文件,可以使用scipy.io.loadmat

data = scipy.io.loadmat("example.mat")

【讨论】:

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