如何将 .hdf 文件转换为数据集？答案

【问题标题】：how to convert the .hdf file to dataset?如何将 .hdf 文件转换为数据集？
【发布时间】：2022-08-22 01:41:16
【问题描述】：

我在这里使用其中一个文件：http://orca.science.oregonstate.edu/1080.by.2160.monthly.hdf.vgpm.m.chl.m.sst.php:

untar(tarfile = \"http://orca.science.oregonstate.edu/data/1x2/monthly/vgpm.r2018.m.chl.m.sst/hdf/vgpm.m.2010.tar\", exdir = \"./foo\")

我收到错误：ar.exe：打开存档时出错：无法打开 \'http://orca.science.oregonstate.edu/data/1x2/monthly/vgpm.r2018.m.chl.m.sst/hdf/vgpm .m.2010.tar\'

所以我必须手动下载文件并将其解压缩（这就是为什么不能在这里提供可重现的示例）。里面有.hdf格式的文件：

我也无法阅读它们：

library(ncdf4)
ncin <- nc_open(\".\\\\vgpm.m.2010\\\\vgpm.2010001.hdf\")
 ncin
 

lon <- ncvar_get(ncin,\"fakeDim0\")
head(lon)


lat <- ncvar_get(ncin,\"fakeDim1\")
head(lat)

fillvalue <- ncatt_get(ncin,\"npp\",\"_FillValue\")

你能帮忙解释一下为什么我不能 utar 文件以及为什么 .hdf 文件没有填充值吗？

标签： r ncdf4

【解决方案1】：

下载该文件后，您应该能够untar 该文件。首先将文件下载到您的工作目录，然后从您的工作目录中解压缩：untar("vgpm.m.2002.tar", exdir = "mydir")。您的问题可能与连接有关。特定于您的计算机设置的原因可能有很多。您需要单独进行故障排除。
解压目录后，里面的内容就不是 .hdf 文件了。他们是压缩的.hdf 文件（因此它们的文件名以 .gz 结尾）。你需要解压：
```
library(R.utils)
gunzip("mydir/vgpm.2002335.hdf.gz", remove = FALSE)
```
1. 一旦你真正拥有 .hdf 文件，你需要打开它然后阅读它。使用 ncdf4 是正确的，因为它可以容纳多种 .hdf 文件格式。一些较旧的格式需要不同的软件包或软件。
2. 要打开并阅读它，您需要两个不同的函数，nc_open() 和 ncvar_get()：
```
library(ncdf4)
dat <- nc_open("mydir/vgpm.2002335.hdf", write = TRUE)
ncvar_get(dat)
```
请注意，如果您尚未完成文档中详细说明的先决条件设置，这些功能将不起作用。例如：

netCDF 库和 HDF5 库都必须已安装在您的计算机上，该库的 R 接口才能工作。

【讨论】：

【解决方案2】：

我还尝试对其进行光栅化：它也很好用：

library(raster)
x <- raster("~.\\vgpm.2010001.hdf")
extent(x) <- extent(-180, 180, -90, 90)
crs(x) <- "+proj=longlat +datum=WGS84"
NAvalue(x) <- -9999
#plot(x)

f1<-  as.data.frame(x, xy=TRUE)

【讨论】：