R中多维数据集群的可视化

Question

对于一组文档，我有一个大小为 30 X 32 的特征矩阵，其中行代表文档，列 = 特征。所以基本上每个文档都有 30 个文档和 32 个特性。运行 PSO 算法后，我已经能够找到一些簇质心（我目前不确定它们是否是最佳的），每个都是长度为 32 的行向量。我有一个大小为 30X1 的列向量显示每个文档已分配到的质心。因此，该向量的索引之一将包含已分配文档 1 的质心的索引，依此类推。这是在计算每个文档与质心的欧几里得距离之后获得的。我想获得一些关于 R 中是否有办法以集群的形式绘制这些多维数据的提示。例如，有没有一种方法可以将这些维度折叠为一维，或者以某种方式将它们显示在一个看起来可能有点漂亮的图表中。我一直在阅读多维缩放。到目前为止，我对此的理解是，它是一种将多维数据减少到较低维度的方法，这似乎是我想要的。所以，我用这段代码试了一下（centroids[[3]] 基本上由 4 X 32 矩阵组成，代表 4 个 centroids）：

   points <- features.dataf[2:ncol(features.dataf)]
row.names(points) <- features.dataf[,1]

fit <- cmdscale(points, eig = TRUE, k = 2)
x <- fit$points[, 1]
y <- fit$points[, 2]
plot(x, y, pch = 19, xlab="Coordinate 1", ylab="Coordinate 2", main="Clustering Text Based on PSO", type="n")
text(x, y, labels = row.names(points), cex=.7)

它给了我这个错误：

Error in cmdscale(pointsPlusCentroids, eig = TRUE, k = 2) : 
  distances must be result of 'dist' or a square matrix

但是，它似乎确实给出了一个情节。但是 pch = 19 点符号没有出现，只是文本名称。像这样：

除了上述之外，我还想给这些上色，以便位于集群 1 中的文档被着色为一种颜色，而位于集群 2 中的文档被着色为不同的颜色，依此类推。如果我有一个以这种方式存在质心的列向量，有什么办法可以做到这一点：

     [,1]
 [1,]    1
 [2,]    3
 [3,]    1
 [4,]    4
 [5,]    1
 [6,]    4
 [7,]    3
 [8,]    4
 [9,]    4
[10,]    4
[11,]    2
[12,]    2
[13,]    2
[14,]    2
[15,]    1
[16,]    2
[17,]    1
[18,]    4
[19,]    2
[20,]    4
[21,]    1
[22,]    1
[23,]    1
[24,]    1
[25,]    1
[26,]    3
[27,]    4
[28,]    1
[29,]    4
[30,]    1

谁能帮我解决这个问题？或者，如果有任何其他方式来绘制像这样的多维集群。谢谢！

Answer 1

由于cmdscale 需要距离，请尝试cmdscale(dist(points), eig = TRUE, k = 2)。由于type = "n"，符号不会出现。对于着色文本，请使用：text(x, y, rownames(points), cex = 0.6, col = centroids)