R安装包在错误的地方答案

【问题标题】：R install packages looking in wrong placeR安装包在错误的地方
【发布时间】：2021-10-14 06:30:59
【问题描述】：

尝试安装 FFTW，感觉自己一直在兜圈子。我需要它用于 R 包（poisbinom）并且我认为我已经正确安装了它（我在集群上并且没有 sudo 权限。我按照这里的说明操作：http://micro.stanford.edu/wiki/Install_FFTW3）

我遇到的问题是这样的：

g++ -std=gnu++14 -shared -L/usr/local/lib64 -o poisbinom.so RcppExports.o init.o   poisbinom.o -lfftw3 -lm  
/usr/bin/ld: cannot find -lfftw3  
collect2: error: ld returned 1 exit status

我有一种感觉是因为我没有在 usr/local/lib64 下安装 FFTW，它在 $HOME/usr/ 下。我的 R 安装在 $HOME/R/lib64/R 下。我不确定要更改什么变量以使其看起来在正确的位置，因为我无法更改此 g++ 调用，因为它是 R install.packages 调用的一部分。我已经在这个圈子里转了两天了。如果还有什么我可以提供的帮助，请告诉我。

我已经运行 install.packages("fftw") 并且成功并且使用 LFFTW3 没有问题，因为它看起来在正确的位置。我主要只需要知道是否可以将此 gcc 调用指向带有环境变量或其他内容的正确文件夹。

【问题讨论】：

标签： c++ r cluster-analysis fftw

【解决方案1】：

如果您的系统上有pkg-config 并且您的安装生成了所需的配置文件（例如fftw3.pc）：定义环境变量PKG_CONFIG_PATH 以（也）包含这些用于FFTW3 的配置文件的目录。

否则，你可以定义FFTW_CFLAGS和FFTW_LIBS：

fftw$ ./configure --help
[...]
  FFTW_CFLAGS C compiler flags for FFTW, overriding pkg-config  
  FFTW_LIBS   linker flags for FFTW, overriding pkg-config
[...]

【讨论】：

【解决方案2】：

我最终不得不将变量添加到我的 bashrc 文件中：

export PATH=$HOME/fftw_folder/bin:$PATH  
export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/fftw_folder/lib:$LD_LIBRARY_PATH  
export LIBRARY_PATH=$HOME/fftw_folder/lib:$LIBRARY_PATH  
export PKG_CONFIG_PATH=$HOME/_folder/lib/pkgconfig:$PKG_CONFIG_PATH

如此处所述：http://hpc.loni.org/docs/faq/installation-details.php 而现在事情似乎进展顺利。感谢您的帮助！

【讨论】：