在 igraph (R) 中进行社区检测后提取社区成员资格

Question

在igraph 中运行社区检测算法后，我在提取社区成员身份时遇到了一些问题。存储的membership 向量似乎与算法找到的社区成员不对应。我怀疑我遗漏了一些东西，但文档很薄，感谢任何帮助。

我的例子：

创建一个包含三个社区和两个组件的加权图：

v1 <- c(1,1,2,3,4,4,6,7,8,9)
v2 <- c(2,3,3,4,5,6,5,8,9,7)
weight <- c(3,3,2,1,3,3,2,2,2,3)

graph <- data.frame(v1,v2)
g <- graph.data.frame(graph, directed=FALSE)

上图中的社区是顶点（1,2,3），（4,5,6）和（7,8,9）。事实上，当我们运行社区检测算法时，它会发现：

cd <- fastgreedy.community(g)
plot(cd,g, edge.width=weight)
str(cd)

给出输出：

IGRAPH clustering fast greedy, groups: 3, mod: 0.56
 groups:
  1
  [1] "7" "8" "9"

  2
  [1] "4" "6" "5"

  3
  [1] "1" "2" "3"`

and this nice picture of the graph split up into communities.

但是，当我尝试访问cd$membership 或cutat() 时，却是另一番景象：

cd$membership
cutat(cd, steps=which.max(cd$modularity)-1)

都给

[1] 3 3 3 2 2 1 1 1 2

我将上述解释为表明每个顶点的社区成员身份是否有误？似乎它（正确地）将 (1,2,3) 分配给社区 3，但错误地将 (4,5,9) 和 (6,7,8) 组合在一起。

Answer 1

看似不匹配的原因是 igraph 读取和分配顶点 ID 的顺序（参见 this answer 以供参考）。

我们来看看graph-object提供的顶点顺序：

> unlist(graph, use.names = F)               # identical to c(v1, v2)
 [1] 1 1 2 3 4 4 6 7 8 9 2 3 3 4 5 6 5 8 9 7

在此序列中，5 仅出现在 1,2,3,4,6,7,8,9 之后。这是删除重复条目后得到的顶点序列：

> unique(unlist(graph, use.names = F))
[1] 1 2 3 4 6 7 8 9 5

或使用igraph:

> V(g)
+ 9/9 vertices, named, from 3bae324:
[1] 1 2 3 4 6 7 8 9 5

这与您的示例中的社区非常吻合：

> sort(membership(cd))
7 8 9 4 6 5 1 2 3         # vertex name
1 1 1 2 2 2 3 3 3         # community

由于序列匹配，您可以将成员资格分配为像这样的顶点属性（如 @chinsoon12 所建议的那样）：

V(g)$community <- membership(cd)