在 anaconda 分发的 python 上安装 igraph ？ （和graphviz）

Question

我尝试在 Anaconda 上安装 igraph 包，但到目前为止还没有成功。如果有人想办法得到它，我会很乐意尝试的！！下面是我尝试做的一些细节（如果你有在 Anaconda 上安装 igraph 的解决方案，你不必阅读它！）。

我使用的是 MAC OS X Yosemite（MAC book Pro 2,3 GHz Intel Core i7）。以下是一些配置参数： MBP-de-Lecue:site-packages lecueguillaume$ which python /用户/lecueguillaume/anaconda/bin/python MBP-de-Lecue:site-packages lecueguillaume$ which pip /Users/lecueguillaume/anaconda/bin/pip

igraph 应该通过 pip 安装。因为，当我输入 pip list 时，我可以在列表中看到包 igraph

python-igraph (0.7)

但是当我尝试在这里导入 igraph 时，我得到了：

MBP-de-Lecue:site-packages lecueguillaume$ python Python 2.7.8 |Anaconda 2.1.0 (x86_64)| （默认，2014 年 8 月 21 日，15:21:46） [GCC 4.2.1 (Apple Inc. build 5577)] 在 darwin 上

导入 igraph 回溯（最近一次通话最后）： 文件“”，第 1 行，在 文件“build/bdist.macosx-10.5-x86_64/egg/igraph/init.py”，第 34 行，在

文件“build/bdist.macosx-10.5-x86_64/egg/igraph/_igraph.py”，第 7 行，在 bootstrap 中的文件“build/bdist.macosx-10.5-x86_64/egg/igraph/_igraph.py”，第 6 行 ImportError：dlopen（/Users/lecueguillaume/.python-eggs/python_igraph-0.7-py2.7-macosx-10.5-x86_64.egg-tmp/igraph/_igraph.so，2）：未加载库：libxml2.2.dylib 引用自：/Users/lecueguillaume/.python-eggs/python_igraph-0.7-py2.7-macosx-10.5-x86_64.egg-tmp/igraph/_igraph.so 原因：库版本不兼容：_igraph.so需要12.0.0或更高版本，而libxml2.2.dylib提供10.0.0版本

所以问题来自libxml2-2。我尝试使用 brew 升级 libxml： MBP-de-Lecue:site-packages lecueguillaume$ brew upgrade libxml2 错误：已经安装了 libxml2-2.9.2

1) 我不明白的第一件事是 libxml2.2 版本 12.0.0 似乎不存在。 http://xmlsoft.org 的最新版本是 9.2。那么为什么 igraph 要求版本 12.0 ？ （我当然错过了什么）。

brew没有帮助的事实是因为它没有更新正确的libxml： MBP-de-Lecue:site-packages lecueguillaume$ which brew /usr/local/bin/brew

2) 我怎么能说 brew 来更新 anaconda/pkgs 中的 Anaconda libxml 库

3) 我还尝试使用 conda pipbuild python-igraph 安装图形。一切顺利：成功安装 python-igraph 除了它必须自己安装 igraph 的 C 核心，而我已经安装了它： 安装收集的包：python-igraph 为 python-igraph 运行 setup.py install 使用 pkg-config 在此系统上找不到 igraph 的 C 核心。 我们现在将尝试从头开始下载和编译 C 内核。 C核版本号：0.7 我们也会尝试：0.7.0

所以看起来 conda 安装运行良好，但“导入 igraph”仍然不起作用。

4) 最后，当我使用 python 的内置 MAC 版本时，igraph 运行良好： MBP-de-Lecue:site-packages lecueguillaume$ which python2.7 /opt/local/bin/python2.7 MBP-de-Lecue：站点包 lecueguillaume$ python2.7 Python 2.7.8（默认，2014 年 7 月 13 日，17:11:32） [GCC 4.2.1 兼容 Apple LLVM 5.1 (clang-503.0.40)] 在 darwin 输入“help”、“copyright”、“credits”或“license”了解更多信息。

导入 igraph

所以 igraph 在 python 的 MAC 版本中安装得很好，但在 Anaconda 版本中没有。由于我使用 Anaconda Notebook（可与 Anaconda python 配合使用），因此我想在其上安装 igraph。

抱歉，问题太长了（这是我第一次提出问题）。我对graphviz包也有同样的问题（安装在MAC python2.7版本上，但没有安装在Anaconda python版本上）。

非常感谢您的帮助！

纪尧姆。

Answer 1

好的，这里有多个问题，所以我会尝试一一回答。

1. 您看到的版本号与 libxml2 的“官方”版本号（顺便说一下，在撰写本文时是 2.9.2 而不是 9.2）无关。这是库的应用程序二进制接口 (ABI) 的版本号。一些项目选择使 ABI 的版本号与库的“公共”版本号保持同步，但这不是必需的。您可以使用otool -L 在 Mac 上查看库的 ABI 版本；例如，otool -L /usr/lib/libxml2.2.dylib 在我的 Mac 上给了我current version 10.9.0。

   现在，您的系统上似乎有多个libxml2 副本。一个来自 OS X 本身，位于/usr/lib。另一个是从 brew 安装的 - 这是在 /usr/local/lib 的某个地方。也许还有第三个来自 Anaconda Python。问题是 igraph 在编译时链接到其中一个（使用 ABI 版本 12.0.0），但是当您尝试导入 igraph 时，系统找不到这个 libxml2 并尝试链接到另一个使用 ABI 版本 10.0 的文件.0 代替。由你来解决这个问题。首先，我会在您的机器上查找所有出现的libxml2*.dylib 并在所有机器上运行otool -L，以查看哪个具有ABI 版本12.0.0 - 这是igraph 链接到的那个。然后你可以尝试在编译和安装 igraph 时临时重命名这个库（以防止链接器找到它并链接到它），并在安装完成后重命名它。这样，您可能能够获得链接到 libxml2 的“正确”版本的 igraph 的编译版本。

2. Brew 不会安装来自 Anaconda Python 的 libxml2，这是正确的 - 通常让一个软件（即 Brew）与另一个软件（即Anaconda Python）。

3. igraph 在编译期间尝试使用pkg-config 查找其C 内核；特别是，它执行pkg-config --cflags --libs igraph。这对你有用吗？