Fisher 检验或卡方检验 Rstudio答案

【问题标题】：Fisher's Test or chi-squared Test RstudioFisher 检验或卡方检验 Rstudio
【发布时间】：2021-06-16 21:17:17
【问题描述】：

本题使用https://people.ucsc.edu/~mclapham/eart125/data/georoc.csv的数据文件

流纹岩可分为高硅类型（SiO2大于75%的流纹岩）和较典型的流纹岩（SiO2小于等于75%）。流纹岩类型的比例在板内和会聚边缘构造环境之间是否存在显着差异？在下面输入 p 值：

我尝试将信息与以下代码组合在一起：

kick <- matrix(c(georoc$tectonic.setting == "Intraplate" | georoc$tectonic.setting == "Convergent margin", georoc$SIO2), ncol = 2)
chisq.test(kick)

这就是我得到的

Pearson's Chi-squared test

data:  kick
X-squared = 380.59, df = 999, p-value = 1
Warning message:
In chisq.test(ckok) : Chi-squared approximation may be incorrect

我做错了什么，我应该如何解决？我是 R 新手。

【问题讨论】：

是什么让你认为这是错误的？
我得到的 p-value = 1 应该是
为什么要小于1？

标签： r

【解决方案1】：

我认为这是正确的，但不知道这个特定的域，所以只是想警告一下！

library(tidyverse)

data <- read_csv('https://people.ucsc.edu/%7Emclapham/eart125/data/georoc.csv')

data_tidy <- data %>% 
  filter(rock.type == "Rhyolite") %>% 
  mutate(high_SiO2 = SIO2 > 75) %>% 
  select("setting" = tectonic.setting, "type" = rock.type, high_SiO2) %>% 
  group_by(setting, type) %>% 
  count(high_SiO2) %>% 
  ungroup() %>% 
  filter(setting %in% c("Convergent margin", "Intraplate")) %>% 
  select(-type) %>% 
  pivot_wider(names_from = high_SiO2, values_from = n) %>% 
  select(setting, "low_SiO2" = `FALSE`, "high_SiO2" = `TRUE`) %>% 
  column_to_rownames(var = "setting") %>% 
  as.matrix()

这样做会给出以下输出：

                  low_SiO2 high_SiO2
Convergent margin       62        10
Intraplate              43        22

然后我们可以运行：

chisq.test(data_tidy)

...得到：

    Pearson's Chi-squared test with Yates' continuity
    correction

data:  data_tidy
X-squared = 6.5263, df = 1, p-value = 0.01063

我最初担心我会混淆矩阵的行和列，但我认为这在这次测试中并不重要。

【讨论】：