Sleuth R 错误：系统在计算上是奇异的答案

【问题标题】：Sleuth R Error: System is computationally singularSleuth R 错误：系统在计算上是奇异的
【发布时间】：2018-06-20 08:44:10
【问题描述】：

我正在与 Kallisto 和 Sleuth 合作分析一些 RNA seq 数据。我有一组控制黄斑数据和一组 AMD 黄斑数据。我正在尝试分析两组之间的差异基因表达。

 Design table:
 sample Tissue  Condition
 AMD_macula.11  Macula  AMD
 AMD_macula.12  Macula  AMD
 AMD_macula.14  Macula  AMD
 AMD_macula.17  Macula  AMD
 AMD_macula.18  Macula  AMD
 AMD_macula.19  Macula  AMD
 ctrl_macula.10 Macula  nodisease
 ctrl_macula.13 Macula  nodisease
 ctrl_macula.15 Macula  nodisease
 ctrl_macula.16 Macula  nodisease
 ctrl_macula.4  Macula  nodisease
 ctrl_macula.6  Macula  nodisease

我已经创建了我的侦探对象，现在我正在尝试拟合模型，以便我可以运行线性回归和 wald 测试。

 so <- sleuth_fit(so, ~sample + Condition,'full')
 so <- sleuth_fit(so, ~Tissue, 'Tissue')
 models(so)

运行这些时，我无法创建第一个模型，因为我收到了这个错误，表示系统在计算上是奇异的。

 > so <- sleuth_fit(so, ~sample + Condition,'full')
 Error in solve.default(t(X) %*% X) : 
 system is computationally singular: reciprocal condition number = 3.82836e-18

有谁知道如何解决这个问题？我认为我的设计表有问题，但我想不出如何修复它。

谢谢！

【问题讨论】：

标签： r bioinformatics bioconductor

【解决方案1】：

这是一个可怕的linear combination 问题的实例。在您的情况下，Condition 是sample. 的线性组合解决方案是从设计中删除样本，因为您没有该因子的任何复制品，并且可能对它不太感兴趣。 Tissue 只有一层，所以把它也包括在内是没有意义的。你想要的是：

so <- sleuth_fit(so, ~ Condition, 'full')
so <- sleuth_fit(so, ~1, 'reduced')

请参阅here，了解分析具有相同设计的数据集的示例。

【讨论】：