“对比只能应用于具有 2 个或更多水平的因素”尽管每个因素都有多个水平答案

【问题标题】："contrasts can be applied only to factors with 2 or more levels" Despite having multiple levels in each factor“对比只能应用于具有 2 个或更多水平的因素”尽管每个因素都有多个水平
【发布时间】：2020-05-03 20:43:33
【问题描述】：

我正在使用以下数据进行双向混合方差分析，使用一个因变量、一个主体间变量和一个主体内变量。当我测试因变量的残差的正态性时，我发现它们不是正态分布的。但此时我能够执行双向方差分析。但是，当我执行 log10 转换并使用 log 转换变量再次运行脚本时，我收到错误“对比度只能应用于具有 2 个或更多级别的因子”。

> str(m_runjumpFREQ)
'data.frame':   564 obs. of  8 variables:
 $ ID1            : int  1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
 $ ID             : chr  "ID1" "ID2" "ID3" "ID4" ...
 $ Group          : Factor w/ 2 levels "II","Non-II": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ Pos            : Factor w/ 3 levels "center","forward",..: 2 1 2 3 2 2 1 3 2 2 ...
 $ Match_outcome  : Factor w/ 2 levels "W","L": 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 ...
 $ time           : Factor w/ 8 levels "runjump_nADJmin_q1",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ runjump        : num  0.0561 0.0858 0.0663 0.0425 0.0513 ...
 $ log_runjumpFREQ: num  -1.25 -1.07 -1.18 -1.37 -1.29 ...

StackOverflow 上对此错误的一些答案提到，用于 ANOVA 的数据集中的一个或多个因子少于两个级别。但如上所示，它们不是。我读过的另一种解释是，这可能是缺失值的问题，其中可能存在 NA。有：

 m1_nasum <- sum(is.na(m_runjumpFREQ$log_runjumpFREQ))
> m1_nasum
[1] 88

但是，即使在删除包含 NA 的行后，我也会收到相同的错误，如下所示。

> m_runjumpFREQ <- na.omit(m_runjumpFREQ)
> m1_nasum <- sum(is.na(m_runjumpFREQ$log_runjumpFREQ))
> m1_nasum
[1] 0

我可以在不进行日志转换的情况下运行相同的脚本，并且它可以工作，但是使用它，我得到了同样的错误。无论哪种方式，因素都是相同的，缺失值不会产生影响。要么我犯了一个严重错误，要么问题出在下面的日志转换行中。

log_runjumpFREQ <- log10(m_runjumpFREQ$runjump)
m_runjumpFREQ <- cbind(m_runjumpFREQ, log_runjumpFREQ)

感谢您的帮助。

【问题讨论】：

可能是您的 factor 组之一中的所有值都是 NA 。例如：lm(val ~ grp, data.frame(val=c(1:5,rep(NA,5)), grp=factor(rep(1:2,each=5)))) 失败并显示相同的错误消息。尝试制表检查，例如table(is.na(m_runjumpFREQ$log_runjumpFREQ), m_runjumpFREQ$Group) 等每个变量。如果没有要测试的确切数据，很难确定。
感谢您的回答。我使用“table”函数来计算每个因素中每个级别的存在。似乎水平在每个因素中是均匀分布的。而且没有NA。我尝试在有和没有日志转换的情况下使用完全相同的脚本，并得到了日志转换脚本的错误。

标签： r normal-distribution anova

【解决方案1】：

因子有 2 个水平是不够的。此外，这些级别必须实际存在。例如，f 下面有 2 个级别，但实际上只有 1 个。

y <- (1:6)^2
x <- 1:6

f <- factor(rep(1, 6), levels = 1:2) 
nlevels(f)  # f has 2 levels
## [1] 2

lm(y ~ x + f)
## Error in `contrasts<-`(`*tmp*`, value = contr.funs[1 + isOF[nn]]) : 
##   contrasts can be applied only to factors with 2 or more levels

【讨论】：