带有ezANOVA的ggplot2残差答案

【问题标题】：ggplot2 residuals with ezANOVA带有ezANOVA的ggplot2残差
【发布时间】：2015-07-26 02:54:54
【问题描述】：

我使用 ezANOVA 运行了三向重复测量 ANOVA。

anova_1<-ezANOVA(data = main_data, dv = .(rt), wid.(id), 
           within = .(A,B,C), type = 3, detailed = TRUE)

我试图通过 qqplot 查看残差的情况，但我不知道如何找到它们，或者它们是否在那里。使用我的 lme 模型，我只需从模型中提取它们

main_data$model_residuals <- as.numeric(residuals(model_1))

并绘制它们

   residuals_qq<-ggplot(main_data, aes(sample = main_data$model_residuals)) +       
        stat_qq(color="black", alpha=1, size =2) + 
        geom_abline(intercept = mean(main_data$model_residuals), slope = sd(main_data$model_residuals))

我想使用 ggplot，因为我想在我的图表中保持一致性。

编辑

也许我不清楚我要做什么。使用 lme 模型，我可以简单地从 main_data data.frame 中的残差对象创建变量 model_residuals，然后包含我在 ggplot 中绘制的残差。我想知道 ezAnova 中的残差是否有类似的可能性，或者是否有办法获取我的 ANOVA 的残差。

【问题讨论】：

您的语法错误。您可以通过变量名而不是引号（或者您可以使用aes_string）或通过data.frame 中的变量名来调用变量。您的问题与ezANOVA 无关。考虑修改标题以反映您想要实现的目标。

标签： r ggplot2

【解决方案1】：

我在使用 ezANOVA 时遇到了同样的问题。我寻求的解决方案是切换到ez.glm（来自afex 包）。 ezANOVA 和 ez.glm 都包装了来自不同包的函数，因此您应该得到相同的结果。对于您的示例，这看起来像这样：

anova_1<-ez.glm("id", "rt", main_data, within=c("A","B","C"), return="full")
nice.anova(anova_1$Anova) # show the ANOVA table like ezANOVA does.

然后你可以拉出 lm 对象并以通常的方式得到你的残差：

residuals(anova_1$lm)

希望对您有所帮助。

编辑：一些更改使其适用于最新版本

anova_1<-aov_ez("id", "rt", main_data, within=c("A","B","C"))
print(m1)
print(m1$Anova)
summary(m1$Anova)
summary(m1)

然后你可以拉出 lm 对象并以通常的方式得到你的残差：

residuals(anova_1$lm)

【讨论】：

它应该说anova_1，它读取m1，函数的名称现在是aov_ez，参数return="full"不再被接受，nice.anova不再存在，你可以打印（anova_1）或nice（anova_1），也可以为一堆事情做总结（anova_1）或总结（anova_1$Anova）。是的，之后这段代码应该可以工作了。

【解决方案2】：

我知道一个很老的帖子，但是可以使用ggplot 在使用ez 包通过使用此函数对数据建模后绘制残差：

proj(ez_outcome$aov)[[3]][, "Residuals"]

然后：

qplot(proj(ez_outcome$aov)[[3]][, "Residuals"])

希望对你有帮助。

【讨论】：

【解决方案3】：

也可能会添加到旧帖子中，但我也遇到了这个问题，因为这是搜索这个问题时弹出的第一件事，我想我可能会添加我是如何解决它的。

我发现如果你在 ezANOVA 设置中包含 return_aov = TRUE 参数，那么残差就在那里，但是 ezANOVA 将它们划分到它在每个主要和交互效果中产生的结果列表中，类似于 base @987654322如果您在本例中包含主题 ID 的错误术语，@ 会这样做。

通过将残差函数映射到 ezANOVA 中的 aov sublist 上，而不是主输出，可以使用 purrr 将这些提取到自己的列表中。所以从问题示例来看，它变成了：

anova_1 <- ezANOVA(data = main_data, dv = .(rt), wid = .(id), 
           within = .(A,B,C), type = 3, detailed = TRUE, return_aov = TRUE)

ezanova_residuals <- purrr::map(anova_1$aov, residuals)

这将生成一个列表，其中每个条目是来自 ezANOVA 模型的一部分的残差，用于影响和交互，即$(Intercept)、$id、id:a、id:b、id:a:b 等。

我发现使用 enframe 和 unnest 将它们拼接在一个 tibble 中非常有用（因为列表组件可能会有不同的长度）以非常快速地将它们变成长格式，然后可以进行绘图或测试：

ezanova_residuals_tbl <- enframe(ezanova_residuals) %>% unnest

hist(ezanova_residuals_tbl$value)

shapiro.test(ezanova_residuals_tbl$value)

我自己没有使用过这个，但映射的想法也适用于 coefficients 和 fitted.values 函数，如果需要，可以将它们从 ezANOVA 结果中提取出来。它们可能会以一些奇怪的格式出现，但之后需要一些额外的操作。

【讨论】：