ezANOVA 输入带闪亮答案

【问题标题】：ezANOVA inputs with ShinyezANOVA 输入带闪亮
【发布时间】：2014-08-02 02:14:27
【问题描述】：

所以我在函数中列出输入时遇到了一些麻烦，尤其是 ezANOVA()。到目前为止，这是我所拥有的代码：

ui.R:

library(shiny)

shinyUI(pageWithSidebar(

  headerPanel('Analysis of Variance'),

  sidebarPanel(

    fileInput("file1", "CSV File", accept=c("text/csv", "text/comma-separated-values,text/plain", ".csv")),

    checkboxInput("header", "Header", TRUE),

    radioButtons('sep', 'Separator',c(Comma=',',Semicolon=';',Tab='\t'),','),

    uiOutput('var') 
  ),

  mainPanel( 

    tableOutput('aovSummary')

  )
)
)

服务器.R：

library(shiny)
library(ez)

shinyServer(function(input, output) {

  csvfile <- reactive({
    csvfile <- input$file1
    if (is.null(csvfile)){return(NULL)}
    dt <- read.csv(csvfile$datapath, header=input$header, sep=input$sep)
    dt
  })

  output$var <- renderUI({
    if(is.null(input$file1$datapath)){return()}

    else{
      return(list(radioButtons("estimate", "Please Pick The Dependent Variable",  choices = names(csvfile())),
              radioButtons("between1", "Please Pick The Between Subjects Factor", choices = names(csvfile())),
              radioButtons("within1", "Please Pick The Within Subjects Factor", choices = names(csvfile())),
              radioButtons("sid", "Please Pick The Subject Id Variable", choices = names(csvfile())),
              actionButton("submit", "Submit")))
  }

})


output$aovSummary = renderTable({

  if(is.null(input$file1$datapath)){return()}

  if(input$submit > 0){

    aov.out <- ezANOVA(data = csvfile(), dv = .(input$estimate), wid = .(input$sid), between = .(input$between1), 
                   within = .(input$within1), detailed = TRUE, type = "III")
    return(aov.out)

  }
})
})

这是我一直在测试的数据：

    Animal  Visit   Dose    Estimate
    2556    0   3   1.813206946
    2557    0   3   1.933397744
    2558    0   3   1.689893603
    2559    0   3   1.780301984
2560    0   3   1.654374476
2566    0   10  3.401283412
2567    0   10  3.015958525
2568    0   10  2.808705611
2569    0   10  3.185718418
2570    0   10  2.767128836
2576    0   30  3.941412617
2577    0   30  3.793328436
2578    0   30  4.240736154
2579    0   30  3.859611218
2580    0   30  4.049743097
2586    0   100 5.600261483
2587    0   100 5.588115651
2588    0   100 5.089081008
2589    0   100 5.108262681
2590    0   100 5.343876403
2556    27  3   1.453587471
2557    27  3   1.994413484
2558    27  3   1.638132168
2559    27  3   2.138289747
2560    27  3   1.799769874
2566    27  10  3.302851871
2567    27  10  3.014199997
2568    27  10  3.190990162
2569    27  10  3.577924375
2570    27  10  3.537461068
2576    27  30  4.470837132
2577    27  30  4.081833308
2578    27  30  4.497192825
2579    27  30  4.205494309
2580    27  30  4.234496088
2586    27  100 6.054284369
2587    27  100 5.436697078
2588    27  100 5.398721492
2589    27  100 4.990794986
2590    27  100 5.573305744
2551    0   3   1.838550166
2552    0   3   1.847992942
2553    0   3   1.349892703
2554    0   3   1.725937126
2555    0   3   1.534652719
2561    0   10  2.931535704
2562    0   10  2.947599556
2563    0   10  3.092658629
2564    0   10  2.837625632
2565    0   10  2.970227467
2571    0   30  4.00746885
2572    0   30  3.921844968
2573    0   30  3.575724773
2574    0   30  4.17137839
2575    0   30  4.25251528
2581    0   100 4.785295667
2582    0   100 5.610955803
2583    0   100 5.497109771
2584    0   100 5.262724458
2585    0   100 5.430003698
2551    27  3   1.9326519
2552    27  3   2.313193186
2553    27  3   1.815261865
2554    27  3   1.345218914
2555    27  3   1.339432001
2561    27  10  3.305894401
2562    27  10  3.192621055
2563    27  10  3.76947789
2564    27  10  3.127887366
2565    27  10  3.231750087
2571    27  30  4.306556353
2572    27  30  4.232038905
2573    27  30  4.042378186
2574    27  30  4.784843929
2575    27  30  4.723665015
2581    27  100 5.601181262
2582    27  100 5.828647795
2583    27  100 5.652171222
2584    27  100 5.326512658
2585    27  100 6.009774247

我在浏览器中收到的错误是：

"input$estimate" 不是提供的数据框中的变量。

所以，函数 ezANOVA() 没有使用实际的变量名，而是使用字符串“input$estimate”，这不是我想要的。

我将如何解决这个问题或者它是无助的？提前感谢您的所有帮助！

【问题讨论】：

标签： r shiny

【解决方案1】：

您需要动态构造对ezANOVA() 的调用，即使用input 变量中的字符串值来定义函数调用。由于其 LISP 传统，这在 R 中通过eval 相对容易。（相对很容易，因为字符串在 R 中仍然很痛苦，您需要操作字符串才能完成这项工作）。这是您的代码的最小工作版本。

server.R

library(shiny)
library(ez)

shinyServer(function(input, output) {

    csvfile <- reactive({
        csvfile <- input$file1
        if (is.null(csvfile)){return(NULL)}
        dt <- read.csv(csvfile$datapath, header=input$header, sep=input$sep)
        dt
    })

    output$var <- renderUI({
        if(!is.null(input$file1$datapath)){
            d <- csvfile()
            anova.opts <- list(
                            radioButtons("estimate", "Please Pick The Dependent Variable",  choices = names(d)),
                            radioButtons("between1", "Please Pick The Between Subjects Factor", choices = names(d)),
                            radioButtons("within1", "Please Pick The Within Subjects Factor", choices = names(d)),
                            radioButtons("sid", "Please Pick The Subject Id Variable", choices = names(d)),
                            actionButton("submit", "Submit")
                        )
            anova.opts
        }

    })


    output$aovSummary = renderTable({

        if(!is.null(input$submit)){

            aov.out <- eval(parse(text=paste(
                                "ezANOVA(data = csvfile()
                               , dv = .(", input$estimate, ") 
                               , wid = .(", input$sid, ")
                               , between = .(", input$between1, ")
                               , within = .(", input$within1, ")
                               , detailed = TRUE, type = \"III\")")))
        aov.out$ANOVA
        }
    })
})

ui.R

library(shiny)

shinyUI(pageWithSidebar(

    headerPanel('Analysis of Variance'),

    sidebarPanel(

        fileInput("file1", "CSV File", accept=c("text/csv", "text/comma-separated-values,text/plain", ".csv")),

        checkboxInput("header", "Header", TRUE),

        radioButtons('sep', 'Separator',c(Comma=',',Semicolon=';',Tab='\t', `White Space`=''),''),

        uiOutput('var') 
    ),

    mainPanel( 

        tableOutput('aovSummary')

    )
)
)

我已经更改/修复了一些较小的问题，但与eval() 无关的两个最重要的更改是：

包括一个选项，让 R 使用空格作为字段分隔符执行其通常的操作。
更改了渲染函数以包含实际的 ANOVA 表。 ezANOVA 返回一个列表，其第一个条目始终是 ANOVA 并包含 ANOVA 表。但是，有时会有更多的假设测试和事后更正条目，例如Mauchly 的球度检验和 Huynh-Feldt 校正。当它们出现时，您确实需要添加逻辑来处理它们。

代码风格也是一个问题——最好去掉空的if块，然后是一个完整的else，而只是测试你实际运行代码的条件。让 R “脱落”函数的末尾模拟一个不存在的返回值。

我假设 UI 改进正在等待一个可行的示例，但您需要考虑：

有意义的默认值，可能是变量类型，用于不同的参数和/或不对单选按钮做出反应，而是只对动作按钮做出反应。否则，您在设置值时会收到来自 ezANOVA 的令人困惑的错误。
如果您的设计中有纯中间或纯内部会发生什么？

您可能还想查看conditionalPanel() 以隐藏更多选项，直到以有意义的方式设置初始选项（数据文件）。

【讨论】：

太棒了！谢谢您的帮助！你是对的，我将代码保持在最低限度，以免混淆。由于我正在使用的数据使用混合过程方差分析，我现在只是坚持使用它，但我计划将此代码用于许多不同的设计。感谢您为我澄清 eval() 方法。我一定会做出其他建议的更改：)。
如果你愿意回答我还有一个问题，我将如何考虑 csvfile()[,input$between1] 的向量？否则 ANOVA 测试将不起作用。
eval(parse(text=paste0("d$",input$between1," <- factor(d$",input$between1,")")))