使用 SciPy 树状图，我可以更改线宽吗？答案

【问题标题】：With SciPy dendrogram, can I change the linewidth?使用 SciPy 树状图，我可以更改线宽吗？
【发布时间】：2014-05-11 11:55:39
【问题描述】：

我正在使用 SciPy 制作一个大树状图，在生成的树状图中，线条粗细让人难以看到细节。我想减少线条的粗细，使其更容易看到并且更像 MatLab。有什么建议吗？

我在做：

import scipy.cluster.hierarchy as hicl
from pylab import savefig

distance = #distance matrix

links = hicl.linkage(distance,method='average')
pden = hicl.dendrogram(links,color_threshold=optcutoff[0], ...
       count_sort=True,no_labels=True)
savefig('foo.pdf')

得到类似this的结果。

【问题讨论】：

标签： matplotlib scipy hierarchical-clustering

【解决方案1】：

在调用dendrogram 之前设置默认线宽。例如：

import scipy.cluster.hierarchy as hicl
from pylab import savefig
import matplotlib


# Override the default linewidth.
matplotlib.rcParams['lines.linewidth'] = 0.5

distance = #distance matrix

links = hicl.linkage(distance,method='average')
pden = hicl.dendrogram(links,color_threshold=optcutoff[0], ...
       count_sort=True,no_labels=True)
savefig('foo.pdf')

更多信息请参见Customizing matplotlib。

【讨论】：

这可以在不导入 matplotlib 和导入 pyplot 的情况下完成吗？

【解决方案2】：

Matplotlib 现在有一个上下文管理器，它只允许您临时覆盖该图的默认值：

import matplotlib.pyplot as plt
from scipy.cluster import hierarchy

distance = #distance matrix
links = hierarchy.linkage(distance, method='average')

# Temporarily override the default line width:
with plt.rc_context({'lines.linewidth': 0.5}):
    pden = hierarchy.dendrogram(links, color_threshold=optcutoff[0], ...
                                count_sort=True, no_labels=True)
# linewidth is back to its default here...!
plt.savefig('foo.pdf')

有关详细信息，请参阅Matplotlib configuration API。

【讨论】：

这在许多其他情况下都非常有用！非常整洁。