以 ijv/coo/triplet 格式加载矩阵的最 Pythonic 方式是什么？

Question

我的输入文件是 ijv/coo/triplet 格式，带有字符串列名，例如：

Apple,Google,1
Apple,Banana,5
Microsoft,Orange,2

应该产生这个 2x3 矩阵：

[[1,5,0], [0,0,2]]

我可以通过将列名放入字典并创建一个 scipy 稀疏 coo_matrix 并将该字典映射到 ID 来手动读取它。最后我想在 scipy sparse 或 pandas 数据框中得到它。

有没有更多的pythonic方式来做到这一点？ Pandas 只能读取 csv，有scipy.io，但它们也没有 coo 格式。因此，如果没有库，将它放入scipy.coo_matrix 或pandas.DataFrame 的最pythonic 方式是什么？

Answer 1

您需要定义从行/列名称到某些索引的明确映射（“Apple”是“0”还是“1”并不重要，只是它由一个数字表示，因此这赢了' 不完全符合您的结果，但这应该没关系）。在此示例中，'info.txt' 包含

Apple,Google,1
Apple,Banana,5
Microsoft,Orange,2

这是实现坐标矩阵的一种方法：

import numpy as np
from scipy.sparse import coo_matrix

input = np.loadtxt( 'info.txt', delimiter=',' , dtype=str)
rows,cols,data = input.T
map_rows = { val:ind for ind,val in enumerate( np.unique(rows) ) }
map_cols = { val:ind for ind,val in enumerate( np.unique(cols) ) }
result   = coo_matrix( (data.astype(float),( [map_rows[x] for x in rows], [map_cols[x] for x in cols]) ) )    

现在你有了映射和结果

print map_rows
#{'Apple': 0, 'Microsoft': 1}
print map_cols
#{'Banana': 0, 'Google': 1, 'Orange': 2}
print result.toarray()
#array([[ 5.,  1.,  0.],
#       [ 0.,  0.,  2.]])

Answer 2

您可以为此使用 csv：

matrix = []
with open('input_file', 'rb') as csvfile:
     input_reader = csv.reader(csvfile, delimiter=',')
     for row in input_reader:
         matrix.append([row[0], row[1], row[2]])

然后你会在matrix：

[['Apple', 'Google', '1'], ['Apple', 'Banana', '5'], ['Microsoft', 'Orange', '2']]

如果你想要一个 numpy 矩阵，我相信根据 documentation 这应该可以工作：

nm_matrix = np.matrix(matrix)

Answer 3

[line.split(",") for line in open(input_file)] 会起作用吗？

该代码将从文件中读取每一行，分成以逗号分隔的行，并将结果收集到一个列表中。